Obtention de l'erreur Python "from : can't read /var/mail/Bio".

Question

J'exécute un (bio)python script qui aboutit à l'erreur suivante :

from: can't read /var/mail/Bio

vu que mon script n'a rien à voir avec le courrier, je ne comprends pas pourquoi mon script cherche dans /var/mail.

Quel semble être le problème ici ? Je doute que cela puisse aider puisque le script ne semble pas être le problème, mais voici quand même mon script :

from Bio import SeqIO
from Bio.SeqUtils import ProtParam

handle = open("examplefasta.fasta") 
for record in SeqIO.parse(handle, "fasta"): 
    seq = str(record.seq)
    X = ProtParam.ProteinAnalysis(seq)
    print X.count_amino_acids() 
    print X.get_amino_acids_percent() 
    print X.molecular_weight() 
    print X.aromaticity() 
    print X.instability_index() 
    print X.flexibility() 
    print X.isoelectric_point() 
    print X.secondary_structure_fraction()

Quel est le problème ici ? Une mauvaise configuration de Python ? Je ne pense vraiment pas que ce soit le script.

Answer 1

Pour Mac OS, il suffit d'aller dans les applications et d'exécuter ces scripts Installer les certificats.commande et Mettre à jour le profil Shell.commande, maintenant ça va fonctionner.