Suppression des lignes vides d'un fichier de données en R

Question

J'ai un ensemble de données avec des lignes vides. Je voudrais les supprimer :

myData<-myData[-which(apply(myData,1,function(x)all(is.na(x)))),]

Cela fonctionne bien. Mais maintenant, je voudrais ajouter une colonne dans mes données et initialiser la première valeur :

myData$newCol[1] <- -999

Error in `$<-.data.frame`(`*tmp*`, "newCol", value = -999) : 
  replacement has 1 rows, data has 0

Malheureusement, cela ne fonctionne pas et je ne comprends pas vraiment pourquoi et je ne peux pas résoudre cela. Cela a fonctionné lorsque j'ai supprimé une ligne à la fois en utilisant :

TgData = TgData[2:nrow(TgData),]

Ou quelque chose de similaire.

Cela fonctionne également lorsque j'ai utilisé seulement les 13.000 premières lignes.

Mais cela ne fonctionne pas avec mes données réelles, avec 32.000 lignes.

Qu'ai-je fait de mal ? Cela semble ne pas avoir de sens pour moi.

Answer 1

Ceci est similaire à certaines des réponses ci-dessus, mais avec ceci, vous pouvez spécifier si vous voulez supprimer les lignes avec un pourcentage de valeurs manquantes supérieur ou égal à un pourcentage donné (avec l'argument pct)

drop_rows_all_na <- function(x, pct=1) x[!rowSums(is.na(x)) >= ncol(x)*pct,]

Où x est un dataframe et pct est le seuil de données remplies de NA que vous voulez vous débarrasser.

pct = 1 signifie supprimer les lignes qui ont 100% de ses valeurs NA. pct = .5 signifie supprimer les lignes qui ont au moins la moitié de ses valeurs NA

Answer 2

Voici une autre réponse si vous voulez juste un enrobage de fonction pratique. De plus, bon nombre des solutions ci-dessus suppriment une ligne avec NAs, alors que celle-ci ne supprime que les lignes qui sont TOUTES des NAs.

data <- rbind(c(1,2,3), c(1, NA, 4), c(4,6,7), c(NA, NA, NA), c(4, 8, NA)) # les données échantillon
data

rmNArows<-function(d){
goodRows<-apply(d,1,function(x) sum(is.na(x))!=ncol(d))
d[goodRows,]
}

rmNArows(data)