Comment sélectionner un miroir CRAN dans R

Question

Je suis en train d'essayer d'installer un package via l'invite de commande R en faisant ce qui suit:

install.packages('RMySQL')

Mais la sortie est la suivante :

--- Veuillez sélectionner un miroir CRAN à utiliser dans cette session ---

Et rien d'autre! Je ne trouve pas de solution à ce problème très basique. Que suis-je censé taper pour sélectionner un miroir CRAN?

ÉDIT :

Système d'exploitation: Mac OS X 10.6.8 Version de R: 2.15.0

Answer 1

J'ai utilisé

chooseCRANmirror(81)

cela vous donne un message pour sélectionner le pays. Ensuite, vous pouvez faire une sélection en tapant le code du miroir du pays spécifié là-bas.

Answer 2

Si vous devez définir le miroir de manière non interactive (par exemple en effectuant une installation rbundler dans un script de déploiement), vous pouvez le faire de cette manière :

Exécutez d'abord manuellement :

chooseCRANmirror()

Sélectionnez le numéro du miroir qui vous convient le mieux et souvenez-vous en. Ensuite, pour automatiser la sélection :

R -e 'chooseCRANmirror(graphics=FALSE, ind=87);library(rbundler);bundle()'

Où 87 est le numéro du miroir que vous souhaitez utiliser. Cet extrait installe également le rbundle pour vous. Vous pouvez l'omettre si vous le souhaitez.

Answer 3

Un menu déroulant devrait s'afficher pour que vous puissiez sélectionner (ou vous obtiendrez une série de numéros à choisir), que vous utilisiez R dans le terminal ou un IDE tel que RStudio. Cela est pris en charge sur Windows, Mac OS, et la plupart des systèmes Linux. Cependant, cela peut nécessiter une configuration ou des dépendances supplémentaires telles que X-windows.

Pour activer X-windows lors de l'utilisation d'un accès à distance, utilisez les drapeaux suivants : -XY

ssh -XY nom_utilisateur@serveur.domaine

Il y a souvent un repo par défaut mais cela peut être spécifié si vous rencontrez un problème, comme l'exécution de scripts ou Rmarkdown/knitr. Vous pouvez utiliser l'option repo pour définir le miroir ou le dépôt pour CRAN à chaque installation avec :

install.packages("package", repo="")

Il est conseillé d'utiliser le miroir le plus proche de votre emplacement pour des téléchargements plus rapides. Par exemple :

install.packages("RMySQL", repos="https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

Vous pouvez également définir l'option repos dans votre session afin de ne le faire qu'une seule fois par session interactive (ou script). Vous pouvez vérifier si repos est configuré avec :

options(repos)

Si vous obtenez "Error in options(repos) : object 'repos' not found", vous pouvez alors définir l'option du dépôt. Par exemple :

options(repos = "https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

Ensuite, cela devrait fonctionner pour installer les packages comme d'habitude. Par exemple :

install.packages("RMySQL")

Comme mentionné par d'autres, vous pouvez configurer le dépôt dans votre fichier .Rprofile et faire en sorte que cela fonctionne dans tous vos scripts. C'est à vous de décider si vous préférez ces options "globales" sur votre système ou des options "locales" dans votre session ou script. Ces options "locales" prennent plus de temps à utiliser à chaque session mais ont l'avantage de permettre à d'autres utilisateurs d'utiliser vos scripts s'ils n'ont pas votre .Rprofile.

Answer 4

Vous pouvez également désactiver tous les menus graphiques en exécutant ceci ou en le plaçant dans votre Rprofile

options(menu.graphics = FALSE)

Answer 5

J'ai eu, sur macOS, exactement ce que vous dites : un message de sélection s'il vous plaît et puis plus rien.

Après avoir ouvert (et mis à jour ; je ne sais pas si c'était pertinent) X-Quartz, puis redémarré R et réessayé, j'ai obtenu une liste de miroirs X à choisir après quelques secondes. C'était plus rapide à partir de la troisième fois.