Créer des tableaux Markdown de manière programmée en R avec KnitR

Question

Je viens tout juste de commencer à apprendre à propos de KnitR et de l'utilisation de Markdown pour générer des documents et des rapports en R. Cela semble parfait pour beaucoup des rapports quotidiens que je dois faire dans mon travail. Cependant, une chose que je ne semble pas voir est un moyen simple d'imprimer des data frames et des tables en utilisant le format Markdown (un peu comme xtable, mais avec Markdown au lieu de LaTeX ou HTML). Je sais que je peux simplement incorporer la sortie HTML de xtable, mais je me demandais s'il existait des solutions basées sur Markdown?

Answer 1

Utilisez une combinaison de knitr::kable et xtable dans votre document markdown.

library("knitr","xtable")

pour un simple data.frame -

kable(head(mtcars[,1:4]),format="markdown")
kable(head(mtcars[,1:4]),format="pandoc",caption="Title of the table")

format="pandoc" permet plus d'options comme le caption.

Maintenant la combinaison pour le résumé du modèle.

data(tli)
fm1 <- aov(tlimth ~ sex + ethnicty + grade + disadvg, data=tli)
kable(xtable(fm1), caption = "Tableau d'Anova")

pour encore plus d'options, regardez le package stargazer au lieu de xtable.

exemple pour un usage personnel

Answer 2

Pour écrire / créer des tables Markdown en R, vous pouvez également utiliser les fonctions MarkDown_Table_writer_DF_RowColNames() ou MarkDown_Table_writer_NamedVector() de MarkdownReports. Il vous suffit de transmettre un data frame / matrice avec des noms de dimension, ou un vecteur avec des noms, et il parse & écrit le tableau au format Markdown.

Answer 3

Ma fonction pour Gitlab :

to_markdown <- fonction(df) {
    wrap <- fonction(x, sep = " ") paste0("|", sep, paste(x, collapse = paste0(sep, "|", sep)), sep, "|", sep = sep)
    paste0(wrap(colnames(df)),
    "\n",
    wrap(rep("------", ncol(df)), sep = ""),
    "\n",
    paste(apply(df, 1, wrap), collapse = "\n"))
}

cat(to_markdown(head(iris[, 1:3])))

| Longueur du sépale | Largeur du sépale | Longueur du pétale | 
|------|------|------|
| 5.1 | 3.5 | 1.4 | 
| 4.9 | 3 | 1.4 | 
| 4.7 | 3.2 | 1.3 | 
| 4.6 | 3.1 | 1.5 | 
| 5 | 3.6 | 1.4 | 
| 5.4 | 3.9 | 1.7 |