C'est une vieille question, mais si quelqu'un la trouve aujourd'hui, il y a de fortes chances que php soit exécuté via php-fpm et mod_fastcgi. Dans ce cas, rien ici ne pourra aider à allonger le temps d'exécution car Apache mettra fin à la connexion à un processus qui ne produit rien pendant 30 secondes. La seule façon de l'allonger est de modifier -idle-timeout dans la configuration d'Apache (module/site/vhost).
FastCgiExternalServer /usr/lib/cgi-bin/php7-fcgi -socket /run/php/php7.0-fpm.sock -idle-timeout 900 -pass-header Authorization
Plus de détails - Augmenter le délai d'attente de PHP-FPM