Comment réparer un dépôt Git corrompu ?

Question

J'ai essayé de cloner mon référentiel que je conserve dans ma base de données. Ubuntu One sur une nouvelle machine, et j'ai obtenu ceci :

cd ~/source/personal
git clone ~/Ubuntu\ One\ Side\ Work/projects.git/

Cloning into 'projects'...
done.
fatal: unable to read tree 29a422c19251aeaeb907175e9b3219a9bed6c616

J'ai donc essayé de regarder les nombreuses autres questions de ce type qui ont été posées ici et la plupart d'entre elles disent de courir git fsck --full et ensuite j'obtiens ceci quand j'essaie ça.

cd ~/Ubuntu\ One\ Side\ Work/projects.git
git fsck --full

Checking object directories: 100% (256/256), done.
Checking objects: 100% (447/447), done.
broken link from  commit 235ae1f48701d577d71ebd430344a159e5ba4881
              to  commit 984c11abfc9c2839b386f29c574d9e03383fa589
broken link from    tree 632a9cf0ef9fccea08438b574e2f1c954f4ff08b
              to    blob 25a742dff0a403b2b3884f2ffddf63eb45721fac
broken link from    tree 632a9cf0ef9fccea08438b574e2f1c954f4ff08b
              to    blob dd4e97e22e159a585b20e21028f964827d5afa4e
broken link from    tree 632a9cf0ef9fccea08438b574e2f1c954f4ff08b
              to    tree 29a422c19251aeaeb907175e9b3219a9bed6c616
broken link from    tree 632a9cf0ef9fccea08438b574e2f1c954f4ff08b
              to    tree 8084e8e04d510cc28321f30a9646477cc50c235c
broken link from    tree 774b5b4157b4caae1c6cad96c8eaf5d4eba2c628
              to    blob a0daa0c1567b55d8de2b4d7a3bc010f58c047eab
broken link from    tree 774b5b4157b4caae1c6cad96c8eaf5d4eba2c628
              to    blob e9052d35bfb6d30065b206fc43f4200a04d5281b
broken link from    tree 774b5b4157b4caae1c6cad96c8eaf5d4eba2c628
              to    blob 1a3a5e4dd2502ac121c22f743c4250e254a94eeb
broken link from    tree 4aa336dc1a5838e8918e03b85580069d83f4ad09
              to    tree 8cc55ec952dc192a233e062201d1e7e873ac3db0
broken link from    tree e5674a91a53e15575a1f3bf5786bc5cc719fb483
              to    blob 4a994e1e7bb7ce28dcec98bad48b9a891d7dec51
broken link from    tree e5674a91a53e15575a1f3bf5786bc5cc719fb483
              to    blob ac033bf9dc846101320c96a5ce8aceb8c96ec098
broken link from    tree 252ab84542264e1589576b6ee51e7a31e580a0e2
              to    tree 2069041cd5950e529e2991d37b7290ec021d90d4
broken link from    tree 2d4964aa4d4f5d8c7228518ce72ef6a63f820c6d
              to    blob d83690e1b9a6bdd8a08754b38231799acefcb2ab
broken link from    tree c7192e82fc581bd6448bda1a25e8729bdac5f4ff
              to    blob 30d54d47ae82add1917ca173d42e58b396df580b
broken link from    tree 7c66306901fc71389623286936cef172d4ffe408
              to    blob bc7e05d705401273b1df4e939de0f540597c0931
broken link from    tree 0940f5fd227d4c84d6e6749d872db50a4522ae3a
              to    tree 923767594ac22023e824948d65622fe5b407d1a1
broken link from    tree 8eadcd2a971e8357d24f0d80f993d2963452209f
              to    blob 2598bde3dc8cb80ee49510b8159344004b88645f
broken link from    tree ffa302dd0d969172ef23caeefe856ab2f57a4e4d
              to    blob d6925fa431be1ac585bf9a481e98f75107a6e6fb
broken link from    tree 7045b8870a49ce30a2027537a96d73d162bda773
              to    blob 25688652dea26f61f576ca1b52b9d1a18fbfd01d
broken link from    tree 37e4705d34bd440ce681ae32ae9a180a13256d72
              to    tree 246f564d4cee53339b8a4244f3173b61caa518eb
missing blob d6925fa431be1ac585bf9a481e98f75107a6e6fb
missing blob ac033bf9dc846101320c96a5ce8aceb8c96ec098
missing tree 29a422c19251aeaeb907175e9b3219a9bed6c616
missing tree 8084e8e04d510cc28321f30a9646477cc50c235c
missing blob 30d54d47ae82add1917ca173d42e58b396df580b
missing tree 8cc55ec952dc192a233e062201d1e7e873ac3db0
missing blob e9052d35bfb6d30065b206fc43f4200a04d5281b
dangling tree 4b26e95db542c72ac4a22ec25abe38fb2de79752
missing blob d83690e1b9a6bdd8a08754b38231799acefcb2ab
missing blob 25a742dff0a403b2b3884f2ffddf63eb45721fac
missing tree 923767594ac22023e824948d65622fe5b407d1a1
missing blob 25688652dea26f61f576ca1b52b9d1a18fbfd01d
missing blob 2598bde3dc8cb80ee49510b8159344004b88645f
dangling tree 3a683869f1bb0c1634de75700c316b3b36570dbd
dangling blob 4098d30843380d798a811f1aa9a02994f0dbbb27
missing tree 2069041cd5950e529e2991d37b7290ec021d90d4
missing blob 4a994e1e7bb7ce28dcec98bad48b9a891d7dec51
missing blob 1a3a5e4dd2502ac121c22f743c4250e254a94eeb
missing blob a0daa0c1567b55d8de2b4d7a3bc010f58c047eab
dangling tree 6c7b5162aa7a303fa3fe8dc393c5da564e309521
missing commit 984c11abfc9c2839b386f29c574d9e03383fa589
missing blob bc7e05d705401273b1df4e939de0f540597c0931
missing blob dd4e97e22e159a585b20e21028f964827d5afa4e
missing tree 246f564d4cee53339b8a4244f3173b61caa518eb
dangling commit a01f5c1e5315dc837203d6dee00d3493be9c5db9

Ça a l'air vraiment mauvais. Quand je fais un git log | head Je reçois ceci

git log | head

error: Could not read 984c11abfc9c2839b386f29c574d9e03383fa589
fatal: Failed to traverse parents of commit 235ae1f48701d577d71ebd430344a159e5ba4881
commit 2fb0d2d0643b445440f01b164f11ee9ee71fca48
Author: christopher <christopher@christopher.christopher>
Date:   Wed Aug 7 15:51:42 2013 -0400

    finishing chapter 7

D'autres questions ici ont dit de regarder ./git/refs/heads/master . C'est un repo nu et refs/heads/ existe mais refs/heads/master ne le fait pas. HEAD dans le dépôt nu dit ref: refs/heads/master cependant.

packed-refs dit cependant ceci

# pack-refs with: peeled
2fb0d2d0643b445440f01b164f11ee9ee71fca48 refs/heads/master

D'autres questions encore ont suggéré de courir git reflog et aucun résultat ne s'affiche lorsque je l'exécute.

Donc je n'ai vraiment aucune idée de ce qu'il faut faire ici. Quelle stratégie adopter ? Est-il possible de réinitialiser la tête à ce dernier commit du 7 août ?

Faire un git log et en allant au bas de l'écran, la sortie montre ceci :

commit 996e03b949aea176238e3c7a8452700bbb987ac9
Author: christopher <christopher@christopher>
Date:   Wed Jul 3 23:00:44 2013 -0400

    many many changes
error: Could not read 984c11abfc9c2839b386f29c574d9e03383fa589
fatal: Failed to traverse parents of commit 235ae1f48701d577d71ebd430344a159e5ba4881

Cela semble empêcher l'élagage de Git de fonctionner.

Answer 1

Comme alternative à la dernière option de Todd (restaurations complètes et réinitialisation), si seul le dépôt local est corrompu, et que vous connaissez l'URL du dépôt distant, vous pouvez l'utiliser pour réinitialiser votre .git pour correspondre à la télécommande (en remplaçant ${url} avec l'URL distant) :

mv -v .git .git_old &&            # Remove old Git files
git init &&                       # Initialise new repository
git remote add origin "${url}" && # Link to old repository
git fetch &&                      # Get old history
# Note that some repositories use 'master' in place of 'main'. Change the following line if your remote uses 'master'.
git reset origin/main --mixed     # Force update to old history.

Cela laisse votre arbre de travail intact, et n'affecte que la comptabilité de Git.

J'ai aussi récemment créé un script Bash script dans ce même but (Annexe A), qui enveloppe un peu de sécurité autour de cette opération.

Note :

• Si votre dépôt a des submodules, ce processus va les perturber d'une manière ou d'une autre, et la seule solution que j'ai trouvée jusqu'à présent est de les supprimer et d'utiliser ensuite git submodule update --init (ou le reclassement du référentiel, mais cela semble trop drastique).
• Il essaie de déterminer le choix correct entre 'main' et 'master' en fonction des paramètres de configuration locaux, mais il peut y avoir des problèmes s'il est utilisé sur un référentiel qui utilise 'master', sur une machine qui a 'main' comme branche par défaut.
• Cela utilise wget pour vérifier que l'url est accessible avant de faire quoi que ce soit. Ce n'est pas nécessairement la meilleure opération pour déterminer si un site est accessible, et si vous n'avez pas wget à disposition, ceci peut probablement être remplacé par ping -c 1 "${url_base}" (linux), ping -n 1 "${url_base}" (Windows), ou curl -Is "${url_base}"

Annexe A - Le script complet

Également publié en tant que Gist bien qu'il soit désormais obsolète.

#!/bin/bash

# Usage: fix-git [REMOTE-URL]
#   Must be run from the root directory of the repository.
#   If a remote is not supplied, it will be read from .git/config
#
# For when you have a corrupted local repo, but a trusted remote.
# This script replaces all your history with that of the remote.
# If there is a .git, it is backed up as .git_old, removing the last backup.
# This does not affect your working tree.
#
# This does not currently work with submodules!
# This will abort if a suspected submodule is found.
# You will have to delete them first
# and re-clone them after (with `git submodule update --init`)
#
# Error codes:
# 1: If a URL is not supplied, and one cannot be read from .git/config
# 4: If the URL cannot be reached
# 5: If a Git submodule is detected

if [[ "$(find -name .git -not -path ./.git | wc -l)" -gt 0 ]] ;
then
    echo "It looks like this repo uses submodules" >&2
    echo "You will need to remove them before this script can safely execute" >&2
    echo "Then use \`git submodule update --init\` to re-clone them" >&2
    exit 5
fi

if [[ $# -ge 1 ]] ;
then
    url="$1"
else
    if ! url="$(git config --local --get remote.origin.url)" ;
    then
        echo "Unable to find remote 'origin': missing in '.git/config'" >&2
        exit 1
    fi
fi

if ! branch_default="$(git config --get init.defaultBranch)" ;
then
    # if the defaultBranch config option isn't present, then it's likely an old version of git that uses "master" by default
    branch_default="master"
fi

url_base="$(echo "${url}" | sed -E 's;^([^/]*://)?([^/]*)(/.*)?$;\2;')"
echo "Attempting to access ${url_base} before continuing"
if ! wget -p "${url_base}" -O /dev/null -q --dns-timeout=5 --connect-timeout=5 ;
then
    echo "Unable to reach ${url_base}: Aborting before any damage is done" >&2
    exit 4
fi

echo
echo "This operation will replace the local repo with the remote at:"
echo "${url}"
echo
echo "This will completely rewrite history,"
echo "but will leave your working tree intact"
echo -n "Are you sure? (y/N): "

read confirm
if ! [ -t 0 ] ; # i'm open in a pipe
then
    # print the piped input
    echo "${confirm}"
fi
if echo "${confirm}"|grep -Eq "[Yy]+[EeSs]*" ; # it looks like a yes
then
    if [[ -e .git ]] ;
    then
        # remove old backup
        rm -vrf .git_old | tail -n 1 &&
        # backup .git iff it exists
        mv -v .git .git_old
    fi &&
    git init &&
    git remote add origin "${url}" &&
    git config --local --get remote.origin.url | sed 's/^/Added remote origin at /' &&
    git fetch &&
    git reset "origin/${branch_default}" --mixed
else
    echo "Aborting without doing anything"
fi

Answer 2

TL;DR

Git ne stocke pas vraiment l'histoire de la façon dont vous pensez qu'il le fait. Il calcule l'historique au moment de l'exécution sur la base d'une chaîne d'ancêtres. S'il manque des blobs, des arbres ou des commits dans votre ancêtre, il se peut que vous ne puissiez pas récupérer complètement votre historique.

Restauration d'objets manquants à partir de sauvegardes

La première chose que vous pouvez essayer est de restaurer les éléments manquants à partir d'une sauvegarde. Par exemple, voyez si vous avez une sauvegarde du commit stocké en tant que .git/objects/98/4c11abfc9c2839b386f29c574d9e03383fa589 . Si c'est le cas, vous pouvez le restaurer.

Vous pouvez également vous renseigner sur git-verify-pack y git-unpack-objects dans le cas où la commission a déjà été emballée et que vous voulez la ramener à un objet libre pour les besoins d'une opération de dépôt.

Résection chirurgicale

Si vous ne pouvez pas remplacer les éléments manquants à partir d'une sauvegarde, vous pouvez peut-être exciser l'historique manquant. Par exemple, vous pouvez examiner votre historique ou reflog pour trouver un ancêtre du commit 984c11abfc9c2839b386f29c574d9e03383fa589. Si vous en trouvez un intact, alors :

1. Copiez votre répertoire de travail Git dans un répertoire temporaire quelque part.
2. Faites un hard reset sur le commit non corrompu.
3. Recopiez vos fichiers actuels dans l'arbre de travail Git, mais assurez-vous de ne pas recopier le dossier .git !
4. Livrez l'arbre de travail actuel, et faites de votre mieux pour le traiter comme un commit écrasé de tout l'historique manquant.

Si cela fonctionne, vous perdrez bien sûr l'histoire intermédiaire. À ce stade, si vous avez un journal d'historique fonctionnel, c'est une bonne idée d'élaguer votre historique et vos reflogs de tous les commits et objets inaccessibles.

Restaurations complètes et ré-initialisation

Si votre référentiel est toujours cassé, vous avez peut-être une sauvegarde ou un clone non corrompu que vous pouvez restaurer. Sinon, mais votre répertoire de travail actuel contient des fichiers valides, alors vous pouvez toujours réinitialiser Git. Par exemple :

rm -rf .git
git init
git add .
git commit -m 'Re-initialize repository without old history.'

C'est une mesure radicale, mais c'est peut-être votre seule option si l'historique de votre dépôt est vraiment irrécupérable. YMMV.

Answer 3

Avant d'essayer l'une des corrections décrites sur cette page, je vous conseille de faire une copie de votre dépôt et de travailler uniquement sur cette copie. Puis, à la fin, si vous parvenez à le réparer, comparez-le avec l'original pour vous assurer que vous n'avez perdu aucun fichier au cours du processus de réparation.

Une autre alternative qui a fonctionné pour moi était de réinitialiser la tête et l'index de Git à son état précédent en utilisant :

git reset --keep

Vous pouvez également faire la même chose manuellement en ouvrant le GUI de Git et en sélectionnant chaque "Staged changes" et en cliquant sur "Unstage the change". Lorsque tout est décomposé, vous devriez maintenant être en mesure de compresser votre base de données, de vérifier votre base de données et de commiter.

J'ai également essayé les commandes suivantes, mais elles n'ont pas fonctionné pour moi. Mais elles pourraient fonctionner pour vous en fonction du problème exact que vous rencontrez :

git reset --mixed
git fsck --full
git gc --auto
git prune --expire now
git reflog --all

Enfin, pour éviter que ce problème de synchronisation n'endommage votre index Git (ce qui peut se produire avec Dropbox , SpiderOak ou tout autre disque en nuage), vous pouvez procéder comme suit :

1. Convertissez votre .git en un seul fichier Git "bundle". en utilisant : git bundle create my_repo.git --all mais comme tout est dans un seul fichier, vous ne risquez plus que la synchronisation endommage votre dépôt git.
2. Désactiver la synchronisation instantanée : SpiderOak vous permet de régler la planification de la vérification des changements sur "automatique" (ce qui signifie qu'elle se fait dès que possible, étant en train de surveiller les changements de fichiers grâce aux notifications de l'OS). C'est une mauvaise chose, car il commencera à télécharger les modifications dès que vous effectuez une modification, puis téléchargera la modification, ce qui pourrait effacer les dernières modifications que vous étiez en train d'effectuer. Une solution pour résoudre ce problème est de régler le délai de suivi des modifications à 5 minutes ou plus. Cela résout également les problèmes avec les applications de prise de notes à enregistrement instantané (telles que Notepad++ ).

Answer 4

J'ai rencontré des problèmes similaires en utilisant la version 2.7.1 de Git sous le nom de Ubuntu 18.04.3 (Castor bionique) dernièrement. Voici comment j'ai fait :

sudo apt install git-repair
git-repair  # Fix a broken Git repository
or
git-repair --force  # Force repair, even if data is lost
git fsck  # To verify it was fixed

La plupart du temps, le processus de récupération est réussi.

Answer 5

Voici un script (Bash) pour automatiser la première solution de @CodeGnome pour restaurer à partir d'une sauvegarde (exécutée à partir du niveau supérieur du référentiel corrompu). La sauvegarde n'a pas besoin d'être complète, il suffit qu'elle contienne les objets manquants.

git fsck 2>&1 | grep -e missing -e invalid | awk '{print $NF}' | sort -u |
    while read entry; do
        mkdir -p .git/objects/${entry:0:2}
        cp ${BACKUP}/objects/${entry:0:2}/${entry:2} .git/objects/${entry:0:2}/${entry:2}
    done