Définition des limites des axes individuels avec facet_wrap et scales = "free" dans ggplot2

Question

Je crée un graphique à facettes pour visualiser les valeurs prédites et réelles côte à côte avec un graphique de la valeur prédite et des résidus. Je vais utiliser shiny pour aider à explorer les résultats des efforts de modélisation en utilisant différents paramètres de formation. J'entraîne le modèle avec 85 % des données, je le teste sur les 15 % restants et je répète cette opération 5 fois, en recueillant à chaque fois les valeurs réelles et prédites. Après avoir calculé les résidus, mon data.frame ressemble à ça :

head(results)
       act     pred       resid
2 52.81000 52.86750 -0.05750133
3 44.46000 42.76825  1.69175252
4 54.58667 49.00482  5.58184181
5 36.23333 35.52386  0.70947731
6 53.22667 48.79429  4.43237981
7 41.72333 41.57504  0.14829173

Ce que je veux :

• Tracé côte à côte de pred vs. act y pred vs. resid
• La gamme/les limites x/y pour pred vs. act pour être le même, idéalement de min(min(results$act), min(results$pred)) à max(max(results$act), max(results$pred))
• La gamme/les limites x/y pour pred vs. resid no d'être affecté par ce que je fais au graphique réel vs. prédit. Le tracé pour x sur les seules valeurs prédites et y sur seulement la gamme résiduelle est bien.

Afin de pouvoir visualiser les deux graphiques côte à côte, j'ai fait fondre les données :

library(reshape2)
plot <- melt(results, id.vars = "pred")

Maintenant le complot :

library(ggplot2)
p <- ggplot(plot, aes(x = pred, y = value)) + geom_point(size = 2.5) + theme_bw()
p <- p + facet_wrap(~variable, scales = "free")

print(p)

C'est assez proche de ce que je veux :

Ce que j'aimerais, c'est que les plages x et y pour le réel et le prédit soient les mêmes, mais je ne sais pas comment le spécifier, et je Ne le fais pas. J'ai besoin de le faire pour le tracé prédit par rapport au tracé résiduel puisque les plages sont complètement différentes.

J'ai essayé d'ajouter quelque chose comme ceci pour les deux scale_x_continous y scale_y_continuous :

min_xy <- min(min(plot$pred), min(plot$value))
max_xy <- max(max(plot$pred), max(plot$value))

p <- ggplot(plot, aes(x = pred, y = value)) + geom_point(size = 2.5) + theme_bw()
p <- p + facet_wrap(~variable, scales = "free")
p <- p + scale_x_continuous(limits = c(min_xy, max_xy))
p <- p + scale_y_continuous(limits = c(min_xy, max_xy))

print(p)

Mais cela reprend le min() des valeurs résiduelles.

Une dernière idée que j'ai eue est de stocker la valeur du minimum act y pred variables avant de fusion, puis les ajouter au cadre de données de fusion afin de dicter dans quelle facette ils apparaissent :

head(results)
       act     pred       resid
2 52.81000 52.86750 -0.05750133
3 44.46000 42.76825  1.69175252
4 54.58667 49.00482  5.58184181
5 36.23333 35.52386  0.70947731

min_xy <- min(min(results$act), min(results$pred))
max_xy <- max(max(results$act), max(results$pred))

plot <- melt(results, id.vars = "pred")

plot <- rbind(plot, data.frame(pred = c(min_xy, max_xy),
  variable = c("act", "act"), value = c(max_xy, min_xy)))

p <- ggplot(plot, aes(x = pred, y = value)) + geom_point(size = 2.5) + theme_bw()
p <- p + facet_wrap(~variable, scales = "free")

print(p)

Cela fait ce que je veux, à l'exception des points qui apparaissent également :

Des suggestions pour faire quelque chose comme ça ?

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J'ai vu cette idée à ajouter geom_blank() mais je ne suis pas sûr de la façon de spécifier l'adresse de l'utilisateur. aes() et qu'il fonctionne correctement, ou ce que le geom_point() L'équivalent est l'utilisation de l'histogramme de aes(y = max(..count..)) .

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Voici des données avec lesquelles jouer (mes valeurs réelles, prédites et résiduelles avant la fusion) :

> dput(results)
structure(list(act = c(52.81, 44.46, 54.5866666666667, 36.2333333333333, 
53.2266666666667, 41.7233333333333, 35.2966666666667, 30.6833333333333, 
39.25, 35.8866666666667, 25.1, 29.0466666666667, 23.2766666666667, 
56.3866666666667, 42.92, 41.57, 27.92, 23.16, 38.0166666666667, 
61.8966666666667, 37.41, 41.6333333333333, 35.9466666666667, 
48.9933333333333, 30.5666666666667, 32.08, 40.3633333333333, 
53.2266666666667, 64.6066666666667, 38.5366666666667, 41.7233333333333, 
25.78, 33.4066666666667, 27.8033333333333, 39.3266666666667, 
48.9933333333333, 25.2433333333333, 32.67, 55.17, 42.92, 54.5866666666667, 
23.16, 64.6066666666667, 40.7966666666667, 39.0166666666667, 
41.6333333333333, 35.8866666666667, 25.1, 23.2766666666667, 44.46, 
34.2166666666667, 40.8033333333333, 24.5766666666667, 35.73, 
61.8966666666667, 62.1833333333333, 74.6466666666667, 39.4366666666667, 
36.6, 27.1333333333333), pred = c(52.8675013282404, 42.7682474758679, 
49.0048248585123, 35.5238560262515, 48.7942868566949, 41.5750416040131, 
33.9548164913007, 29.9787449128663, 37.6443975781139, 36.7196211666685, 
27.6043278172077, 27.0615724310721, 31.2073056885252, 55.0886903524179, 
43.0895814712768, 43.0895814712768, 32.3549865881578, 26.2428426737583, 
36.6926037128343, 56.7987490221996, 45.0370788180147, 41.8231642271826, 
38.3297859332601, 49.5343916620086, 30.8535641206809, 29.0117492750411, 
36.9767968381391, 49.0826677983065, 54.4678549541069, 35.5059204731218, 
41.5333417555995, 27.6069075391361, 31.2404889715121, 27.8920960978598, 
37.8505531149324, 49.2616631533957, 30.366837650159, 31.1623492639066, 
55.0456078770405, 42.772538591063, 49.2419293590535, 26.1963523976241, 
54.4080781796616, 44.9796700541254, 34.6996927469131, 41.6227713664027, 
36.8449646519306, 27.5318686661673, 31.6641793552795, 42.8198894266632, 
40.5769177148146, 40.5769177148146, 29.3807781312816, 36.8579132935989, 
55.5617033901752, 55.8097119335638, 55.1041728261666, 43.6094641699075, 
37.0674887276681, 27.3876960746536), resid = c(-0.0575013282403773, 
1.69175252413213, 5.58184180815435, 0.709477307081826, 4.43237980997177, 
0.148291729320228, 1.34185017536599, 0.704588420467079, 1.60560242188613, 
-0.832954500001826, -2.50432781720766, 1.98509423559461, -7.93063902185855, 
1.29797631424874, -0.169581471276786, -1.51958147127679, -4.43498658815778, 
-3.08284267375831, 1.32406295383237, 5.09791764446704, -7.62707881801468, 
-0.189830893849219, -2.38311926659339, -0.541058328675241, -0.286897454014273, 
3.06825072495888, 3.38653649519422, 4.14399886836018, 10.1388117125598, 
3.03074619354486, 0.189991577733821, -1.82690753913609, 2.16617769515461, 
-0.088762764526507, 1.47611355173427, -0.268329820062384, -5.12350431682565, 
1.5076507360934, 0.124392122959534, 0.147461408936991, 5.34473730761318, 
-3.03635239762411, 10.1985884870051, -4.18300338745873, 4.31697391975358, 
0.0105619669306023, -0.958297985263961, -2.43186866616734, -8.38751268861282, 
1.64011057333683, -6.36025104814794, 0.226415618518729, -4.80411146461488, 
-1.1279132935989, 6.33496327649151, 6.37362139976954, 19.5424938405001, 
-4.17279750324084, -0.467488727668119, -0.254362741320246)), .Names = c("act", 
"pred", "resid"), row.names = c(2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 
10L, 11L, 12L, 13L, 15L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 23L, 
24L, 25L, 26L, 28L, 29L, 30L, 31L, 32L, 33L, 34L, 35L, 36L, 37L, 
38L, 39L, 41L, 42L, 43L, 44L, 45L, 46L, 47L, 48L, 49L, 50L, 51L, 
52L, 54L, 55L, 56L, 57L, 58L, 59L, 60L, 61L, 62L, 63L, 64L, 65L
), class = "data.frame")

Answer 1

Voici un peu de code avec un mannequin geom_blank couche,

range_act <- range(range(results$act), range(results$pred))

d <- reshape2::melt(results, id.vars = "pred")

dummy <- data.frame(pred = range_act, value = range_act,
                    variable = "act", stringsAsFactors=FALSE)

ggplot(d, aes(x = pred, y = value)) +
  facet_wrap(~variable, scales = "free") +
  geom_point(size = 2.5) + 
  geom_blank(data=dummy) + 
  theme_bw()

Answer 2

Je ne suis pas sûr de comprendre ce que tu veux, mais d'après ce que j'ai compris.

l'échelle x semble être la même, c'est l'échelle y qui n'est pas la même, et c'est parce que vous avez précisé scales ="free"

vous pouvez spécifier scales = "free_x" pour ne permettre qu'à x d'être libre (dans ce cas, cela revient à pred a la même portée par définition)

p <- ggplot(plot, aes(x = pred, y = value)) + geom_point(size = 2.5) + theme_bw()
p <- p + facet_wrap(~variable, scales = "free_x")

a fonctionné pour moi, voir l'image

Je pense que vous avez rendu la tâche trop difficile - je me souviens d'une fois où j'ai défini les limites sur la base d'une formule avec min et max et si elle était facettée, je pense qu'elle n'utilisait que ces valeurs, mais je ne trouve pas le code.

Answer 3

Vous pouvez également spécifier la plage avec la commande coord_cartesian pour définir la plage de l'axe des y que vous voulez, et comme dans le post précédent utiliser scales = free_x

p <- ggplot(plot, aes(x = pred, y = value)) +
     geom_point(size = 2.5) +
     theme_bw()+
     coord_cartesian(ylim = c(-20, 80))
p <- p + facet_wrap(~variable, scales = "free_x")
p