Fractionner les chaînes de caractères délimitées dans une colonne et les insérer comme de nouvelles lignes

Question

J'ai un cadre de données comme suit :

+-----+-------+
|  V1 |  V2   |
+-----+-------+
|  1  | a,b,c |
|  2  | a,c   |
|  3  | b,d   |
|  4  | e,f   |
|  .  | .     |
+-----+-------+

Chacun des alphabets est un caractère séparé par une virgule. Je voudrais diviser V2 sur chaque virgule et insérer les chaînes divisées comme de nouvelles lignes. Par exemple, la sortie souhaitée sera :

+----+----+
| V1 | V2 |
+----+----+
|  1 |  a |
|  1 |  b |
|  1 |  c |
|  2 |  a |
|  2 |  c |
|  3 |  b |
|  3 |  d |
|  4 |  e |
|  4 |  f |
+----+----+

J'essaie d'utiliser strsplit() de cracher d'abord V2, puis de transformer la liste en un cadre de données. Cela n'a pas fonctionné. Toute aide sera appréciée.

Answer 1

Depuis décembre 2014, cela peut être fait en utilisant la fonction unnest du paquet tidyr de Hadley Wickham (voir les notes de version. http://blog.rstudio.org/2014/12/08/tidyr-0-2-0/ )

> library(tidyr)
> library(dplyr)
> mydf

  V1    V2
2  1 a,b,c
3  2   a,c
4  3   b,d
5  4   e,f
6  .     .

> mydf %>% 
    mutate(V2 = strsplit(as.character(V2), ",")) %>% 
    unnest(V2)

   V1 V2
1   1  a
2   1  b
3   1  c
4   2  a
5   2  c
6   3  b
7   3  d
8   4  e
9   4  f
10  .  .

Mise à jour 2017 : prendre note de la separate_rows comme décrit par @Tif ci-dessous.

Il fonctionne tellement mieux, et il permet de "déséquilibrer" plusieurs colonnes dans une seule déclaration :

> head(mydf)
geneid              chrom    start  end strand  length  gene_count
ENSG00000223972.5   chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1    11869;12010;12179;12613;12613;12975;13221;13221;13453   12227;12057;12227;12721;12697;13052;13374;14409;13670   +;+;+;+;+;+;+;+;+   1735    11
ENSG00000227232.5   chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1;chr1  14404;15005;15796;16607;16858;17233;17606;17915;18268;24738;29534   14501;15038;15947;16765;17055;17368;17742;18061;18366;24891;29570   -;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-   1351    380
ENSG00000278267.1   chr1    17369   17436   -   68  14
ENSG00000243485.4   chr1;chr1;chr1;chr1;chr1    29554;30267;30564;30976;30976   30039;30667;30667;31097;31109   +;+;+;+;+   1021    22
ENSG00000237613.2   chr1;chr1;chr1  34554;35277;35721   35174;35481;36081   -;-;-   1187    24
ENSG00000268020.3   chr1    52473   53312   +   840 14

> mydf %>% separate_rows(strand, chrom, gene_start, gene_end)
geneid  length  gene_count  strand  chrom   start   end
ENSG00000223972.5   1735    11  +   chr1    11869   12227
ENSG00000223972.5   1735    11  +   chr1    12010   12057
ENSG00000223972.5   1735    11  +   chr1    12179   12227
ENSG00000223972.5   1735    11  +   chr1    12613   12721
ENSG00000223972.5   1735    11  +   chr1    12613   12697
ENSG00000223972.5   1735    11  +   chr1    12975   13052
ENSG00000223972.5   1735    11  +   chr1    13221   13374
ENSG00000223972.5   1735    11  +   chr1    13221   14409
ENSG00000223972.5   1735    11  +   chr1    13453   13670
ENSG00000227232.5   1351    380 -   chr1    14404   14501
ENSG00000227232.5   1351    380 -   chr1    15005   15038
ENSG00000227232.5   1351    380 -   chr1    15796   15947
ENSG00000227232.5   1351    380 -   chr1    16607   16765
ENSG00000227232.5   1351    380 -   chr1    16858   17055
ENSG00000227232.5   1351    380 -   chr1    17233   17368
ENSG00000227232.5   1351    380 -   chr1    17606   17742
ENSG00000227232.5   1351    380 -   chr1    17915   18061
ENSG00000227232.5   1351    380 -   chr1    18268   18366
ENSG00000227232.5   1351    380 -   chr1    24738   24891
ENSG00000227232.5   1351    380 -   chr1    29534   29570
ENSG00000278267.1   68  5   -   chr1    17369   17436
ENSG00000243485.4   1021    8   +   chr1    29554   30039
ENSG00000243485.4   1021    8   +   chr1    30267   30667
ENSG00000243485.4   1021    8   +   chr1    30564   30667
ENSG00000243485.4   1021    8   +   chr1    30976   31097
ENSG00000243485.4   1021    8   +   chr1    30976   31109
ENSG00000237613.2   1187    24  -   chr1    34554   35174
ENSG00000237613.2   1187    24  -   chr1    35277   35481
ENSG00000237613.2   1187    24  -   chr1    35721   36081
ENSG00000268020.3   840 0   +   chr1    52473   53312

Answer 2

Voici une autre façon de procéder

df <- read.table(textConnection("1|a,b,c\n2|a,c\n3|b,d\n4|e,f"), header = F, sep = "|", stringsAsFactors = F)

df
##   V1    V2
## 1  1 a,b,c
## 2  2   a,c
## 3  3   b,d
## 4  4   e,f

s <- strsplit(df$V2, split = ",")
data.frame(V1 = rep(df$V1, sapply(s, length)), V2 = unlist(s))
##   V1 V2
## 1  1  a
## 2  1  b
## 3  1  c
## 4  2  a
## 5  2  c
## 6  3  b
## 7  3  d
## 8  4  e
## 9  4  f

Answer 3

Vous pouvez maintenant utiliser la version de tidyr 0.5.0. separate_rows est à la place de strsplit + unnest .

Par exemple :

library(tidyr)
(df <- read.table(textConnection("1|a,b,c\n2|a,c\n3|b,d\n4|e,f"), header = F, sep = "|", stringsAsFactors = F))

  V1    V2
1  1 a,b,c
2  2   a,c
3  3   b,d
4  4   e,f

separate_rows(df, V2)

Donne :

  V1 V2
1  1  a
2  1  b
3  1  c
4  2  a
5  2  c
6  3  b
7  3  d
8  4  e
9  4  f

Voir la référence : https://blog.rstudio.org/2016/06/13/tidyr-0-5-0/

Answer 4

Voici un data.table solution :

d.df <- read.table(header=T, text="V1 | V2
1 | a,b,c
2 | a,c
3 | b,d
4 | e,f", stringsAsFactors=F, sep="|", strip.white = TRUE)
require(data.table)
d.dt <- data.table(d.df, key="V1")
out <- d.dt[, list(V2 = unlist(strsplit(V2, ","))), by=V1]

#    V1 V2
# 1:  1  a
# 2:  1  b
# 3:  1  c
# 4:  2  a
# 5:  2  c
# 6:  3  b
# 7:  3  d
# 8:  4  e
# 9:  4  f

> sapply(out$V2, nchar) # (or simply nchar(out$V2))
# a b c a c b d e f 
# 1 1 1 1 1 1 1 1 1

Answer 5

Vous pouvez envisager cSplit con direction = "long" de mon paquet "splitstackshape".

L'usage serait :

cSplit(mydf, "V2", ",", "long")
##    V1 V2
## 1:  1  a
## 2:  1  b
## 3:  1  c
## 4:  2  a
## 5:  2  c
## 6:  3  b
## 7:  3  d
## 8:  4  e
## 9:  4  f

---

Ancienne réponse....

Voici une approche qui utilise la base R. Elle suppose que nous commençons avec un fichier data.frame nommé "mydf". Il utilise read.csv à lire dans la deuxième colonne comme un data.frame que nous combinons avec la première colonne de vos données sources. Enfin, vous utilisez reshape pour convertir les données en une forme longue.

temp <- data.frame(Ind = mydf$V1, 
                   read.csv(text = as.character(mydf$V2), header = FALSE))
temp1 <- reshape(temp, direction = "long", idvar = "Ind", 
                 timevar = "time", varying = 2:ncol(temp), sep = "")
temp1[!temp1$V == "", c("Ind", "V")]
#     Ind  V
# 1.1   1  a
# 2.1   2  a
# 3.1   3  b
# 4.1   4  e
# 1.2   1  b
# 2.2   2  c
# 3.2   3  d
# 4.2   4  f
# 1.3   1  c

Une autre alternative assez directe est :

stack(
  setNames(
    sapply(strsplit(mydf$V2, ","), 
           function(x) gsub("^\\s|\\s$", "", x)), mydf$V1))
  values ind
1      a   1
2      b   1
3      c   1
4      a   2
5      c   2
6      b   3
7      d   3
8      e   4
9      f   4