Comme Rup l'a déjà mentionné dans son commentaire, le fichier my.cnf ne contient que ces quelques lignes. C'est tout à fait normal, le serveur mysql est capable de démarrer sans fichier de configuration - dans ce cas, il utilise les valeurs par défaut plus ce qui se trouve dans la ligne de commande. Pour voir quels fichiers de configuration mysqld lit et quelles valeurs par défaut il utilise, il suffit d'exécuter :
mysqld --verbose --help
et il produira un rapport contenant par exemple ceci :
mysqld Ver 5.0.51a-24-log for debian-linux-gnu on x86\_64 ((Debian))
Default options are read from the following files in the given order:
/etc/mysql/my.cnf ~/.my.cnf /usr/etc/my.cnf
The following groups are read: mysql\_cluster mysqld server mysqld-5.0
Variables (--variable-name=value)
and boolean options {FALSE|TRUE} Value (after reading options)
--------------------------------- -----------------------------
help TRUE
...
wait\_timeout 3600
To see what values a running MySQL server is using, type
'mysqladmin variables' instead of 'mysqld --verbose --help'.