En règle générale, le développement - ou l'utilisation - d'un système d'exploitation 64 bits, dans quelque contexte que ce soit, sera plus lent que le même système d'exploitation 32 bits. Comme tous les pointeurs sont soudainement deux fois plus grands, vous êtes beaucoup plus susceptible de faire sauter le cache, et vous pouvez mettre moins de données dans la RAM. Cela ralentit considérablement votre application. Normalement, vous n'utiliserez les systèmes 64 bits que si vos applications doivent traiter plus de 2 à 3 Go de données simultanément, ce qui est très courant en informatique scientifique et dans certaines bases de données, mais extrêmement rare par ailleurs. C'est la raison pour laquelle Apple ne préconise pas la compilation inconditionnelle des applications PowerPC en mode 64 bits, par exemple : le coût dû aux erreurs de cache et au manque de mémoire est suffisamment élevé pour que le passage au 64 bits n'ait de sens que si vous pouvez vraiment tirer parti de l'espace 64 bits.
Mais x86 contre AMD64, qui est ce que vous demandez vraiment (puisque vous discutez d'Ubuntu), est une bête très spéciale. AMD64 ne se contente pas d'étendre tous les pointeurs à 64 bits ; il corrige de très nombreuses déficiences dans l'architecture x86, en doublant le nombre de GPR, en simplifiant les instructions pour les rendre plus conviviales pour les conceptions de CPU modernes, et plus encore. A cause de cela, sur les plateformes AMD64 uniquement vous constaterez souvent une augmentation substantielle des performances en passant au 64 bits.
Il existe un autre domaine dans lequel, en matière de développement logiciel, il est judicieux de passer au 64 bits : vous devez exécuter de nombreuses machines virtuelles. L'exécution de quelques VM peut facilement vous faire dépasser la barrière des 3 Go de mémoire du système d'exploitation, ce qui rend leur utilisation très pénible (cela fonctionnera grâce à une technologie appelée PAE, ou Paged Addressing Extensions, qu'Intel a inventée pour combler le fossé entre les systèmes 32 bits et les systèmes 64 bits, mais le résultat est lent, pénible à utiliser en tant que développeur et n'est pas très bien supporté par Windows). Le passage à un système d'exploitation 64 bits peut présenter des avantages considérables.