déboguer les scripts littéraux

Question

Comment puis-je déboguer Rscripts qui sont exécutées à partir de la ligne de commande ?

J'utilise actuellement le getopt pour passer des options en ligne de commande, mais quand il y a un bogue, il m'est difficile de le faire :

1. pour voir ce qui a mal tourné ;
2. déboguer de manière interactive dans R (puisque le script s'attend à des options de ligne de commande).

Quelqu'un a-t-il des exemples de code et souhaite-t-il les partager ?

Answer 1

Vous pourriez passer vos arguments de ligne de commande dans un shell interactif avec --args et ensuite source('') le script.

$ R --args -v

R version 2.8.1 (2008-12-22)
Copyright (C) 2008 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0

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Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

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Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> require(getopt)
Loading required package: getopt
> opt = getopt(c(
+ 'verbose', 'v', 2, "integer"
+ ));
> opt
$verbose
[1] 1
> source('my_script.R')

Vous pouvez maintenant utiliser l'ancienne fonction browser() pour déboguer.

Answer 2

J'utilise soit les instructions d'impression de la vieille école, soit l'analyse interactive. Pour cela, j'enregistre d'abord l'état en utilisant save() puis de le charger dans une session interactive (pour laquelle j'utilise Emacs/ESS). Cela permet un travail interactif en utilisant le code script sur une base ligne par ligne.

Mais je commence souvent par écrire/tester/déboguer le code en mode interactif avant de le déployer dans un petit script.

Answer 3

Une autre option consiste à travailler avec la fonctionnalité options(error). Voici un exemple simple :

options(error = quote({dump.frames(to.file=TRUE); q()}))

Vous pouvez créer un script aussi élaboré que vous le souhaitez sur une condition d'erreur, donc vous devriez juste décider des informations dont vous avez besoin pour le débogage.

Sinon, si certains domaines spécifiques vous préoccupent (par exemple, la connexion à une base de données), intégrez-les dans une fonction tryCatch().