en R comment obtenir des messages d'erreur en anglais

Question

Je suis en train d'essayer quelques tutoriels sur bioconductor ; mais je reçois des messages d'erreur, que je voudrais rechercher/soumettre ; malheureusement, comme R est installé sur un système configuré en français, R me renvoie des messages en français ; comment pourrais-je avoir ces messages en anglais.

Mon système : Ubuntu 10.04 exécutant gnome 3 ; la version de R est la dernière (2.15.1) Bioconductor a été mis à jour en 2.10,

et j'essaie de télécharger/utiliser le jeu de données GSE20986 (mais j'ai eu une erreur similaire avec un autre jeu de données GSE2034, tout en suivant la procédure donnée dans "R in a nutshell") ; pour ceux qui parlent français le message d'erreur que j'obtiens est :

> getGEOSuppFiles("GSE20986")
[1] "ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/geo/DATA/supplementary/series/GSE20986/"
Erreur dans scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings,  : 
  la ligne 1 n'avait pas 6 éléments

Merci pour votre aide.

Answer 1

Je pense que vous devez définir le LANGUAGE variable d'environnement lorsque vous lancez R . essayez de démarrer R comme ça :

$ LANGUAGE=en R

Answer 2

En général, sous linux, essayez en ligne de commande

locale -a

pour obtenir une liste de locales, peut-être que vous voulez en_US.utf8, et ensuite

LC_ALL=en_US.utf8 R

mais il est souvent préférable d'opter pour la locale "C", qui est du texte pur et simple.

LC_ALL=C R

Dans une session R, Sys.setlocale("LC_ALL", "en_US.utf8") ou d'autres composants de Sys.getlocale() et les locales prises en charge par votre système et signalées à partir de locale -a .

Answer 3

Pour moi, travaillé en R :

Sys.setlocale("LC_MESSAGES", "C")

Ubuntu 16.04
R version 3.4.3 (2017-11-30) -- "Kite-Eating Tree" (arbre mangeur de cerfs-volants)

Pour moi aussi Sys.setenv(LANGUAGE='en') n'a pas fonctionné.