Une façon de voir si une référence est utilisée par votre code (sans outils externes) est simplement de supprimer cette référence et de compiler.
Utilisé dans le code ? Vous obtiendrez un beau message d'erreur, il suffit de le rajouter.
Non utilisé ? La compilation réussit et vous pouvez la laisser enlevée.
Si la référence concerne votre propre projet dans la même solution et qu'il n'y a que quelques classes, vous pouvez faire un clic droit sur chaque classe dans Visual Studio et choisir Trouver toutes les références - si quelque chose fait référence à cette classe, vous le verrez.