Allen Brain Institute - exemple d'observatoire du cerveau

Question

J'essaie de suivre l'exemple de observatoire du cerveau ipython notebook .

Cependant, je suis resté bloqué en chargeant le nwb comme ci-dessous.

from allensdk.core.brain_observatory_cache import BrainObservatoryCache
boc = BrainObservatoryCache(manifest_file='boc/manifest.json')

data_set = boc.get_ophys_experiment_data(501940850)  # problem here

Alors, j'ai ouvert le nwb fichier par HDFview .

Tout l'observatoire du cerveau nwb n'ont pas été ouverts, sauf pour 502376461.nwb .

Quand j'ai essayé d'ouvrir le 502376461.nwb dans l'exemple du ipython notebook d'allen, ça a marché ! !! Mais les autres ( 501940850 , 503820068 ...) a échoué comme ci-dessus.

Answer 1

Résumant le fil de discussion de github :

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/22

Les fichiers ont été partiellement téléchargés ou corrompus d'une manière ou d'une autre. Aucune exception n'a été signalée pendant le téléchargement, donc urllib n'a pas dû remarquer de problème.

Les développeurs d'AllenSDK étudient une sorte de contrôle de la cohérence des fichiers et/ou une bibliothèque HTTP différente.

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/28

Si d'autres personnes rencontrent ce problème, vous pouvez supprimer le mauvais fichier et relancer la fonction de téléchargement ( BrainObservatoryCache.get_ophys_experiment_data ). Les fichiers sont téléchargés dans un sous-répertoire du BrainObservatoryCache fichier manifeste qui, par défaut, est le répertoire de travail actuel s'il n'est pas spécifié.