Comment exécuter des commandes linux à partir de R via bash sous le sous-système Windows pour Linux (WSL) ?

Question

Le WSL sur Windows 10 permet l'exécution de commandes Linux et d'outils en ligne de commande via bash.exe. De manière très utile, un outil/commande Linux peut être appelé à partir de la ligne de commande Windows ( cmd.exe ) en le passant comme argument à bash.exe comme ceci :

bash.exe -c <linux command>

Ceci est très utile car cela devrait permettre aux scripts basés sur Windows de combiner les outils Windows et Linux de manière transparente.

Malheureusement, je n'ai pas réussi à appeler des commandes Linux à partir d'un script R (voir ci-dessous).

0) Système

Win10 x64 + Anniversary Update + WSL installé

1) Comparaison des cas où l'appel des commandes Linux fonctionne

Les éléments suivants fonctionnent tous pour moi ; montrés ici juste avec un exemple d'appel à ls .

• à partir de la ligne de commande Windows (invite cmd.exe)

  bash -c "ls /mnt/a"
  
  bash -c "ls /mnt/a > /mnt/a/test.txt"

• Cela fonctionne de la même manière si l'on commence à partir de WinKey + R

• Le même travail se fait à partir d'un .bat fichier.

• Il peut être appelé depuis un code compilé. J'ai essayé avec Delphi XE2 32-bit et 64-bit en utilisant ShellExecute :

  Par exemple, ceux-ci fonctionnent (32 et 64 bits) :

  ShellExecute (0, PChar('open'), PChar('cmd.exe'), PChar('/c c:\windows\system32\bash.exe -c "ls /mnt/a > /mnt/a/test.txt"'), nil, SW_SHOWNORMAL);

  Ou (code 32 bits) :

  ShellExecute (0, PChar('open'), PChar('c:\windows\sysnative\bash.exe'), PChar('-c "ls /mnt/a > /mnt/a/test.txt"'), nil, SW_SHOWNORMAL);

  Ou (code 64 bits) :

  ShellExecute (0, PChar('open'), PChar('c:\windows\system32\bash.exe'), PChar('-c "ls /mnt/a > /mnt/a/test.txt"'), nil, SW_SHOWNORMAL);

  Tout cela semble fonctionner (et ShellExecute retours 42).

2) Défaut d'appeler les commandes Linux à partir de R Utilisation de R 3.3.1 x64

Toutes les actions ci-dessous (et plusieurs autres similaires que j'ai essayées) échouent avec le statut 65535 :

shell('c:/windows/system32/bash.exe -c "ls /mnt/a"', shell="cmd.exe", flag = "/c")

shell("ls", shell="c:/windows/system32/bash.exe", flag = "-c")

system('cmd /c c:/windows/system32/bash.exe -c "ls /mnt/a > /mnt/a/test.txt"')

system('bash -c "ls /mnt/a"')

system('c:/windows/system32/bash.exe -c "ls /mnt/a > /mnt/a/test.txt"')

3) Question

Étant donné que les exemples sous 1) travail, je trouve 2) très déroutant. Est-ce que je rate quelque chose d'évident ?

Je serais très reconnaissant d'avoir un exemple simple où l'exécution d'une commande Linux par l'intermédiaire de bash.exe sous les travaux du WSL.

Answer 1

Vos exemples défaillants devraient maintenant fonctionner correctement dans Windows 10 Insider builds >= 14951 qui a introduit de nombreuses améliorations "interop" et de nouvelles capacités :

> system('bash -c "ls /"')

Génère :

bin   cache  dev  home  lib    media  opt   root  sbin  srv  tmp  var
boot  data   etc  init  lib64  mnt    proc  run   snap  sys  usr