Comment savoir quelle version du paquet est chargée dans R ?

Question

Je suis en train de comprendre comment utiliser mon cluster universitaire. Deux versions de R sont installées. La version 2.11 du système (Debian 6.0) et la version 2.14.2 dans un emplacement non standard.

J'essaie d'utiliser MPI avec snow. Le code que j'essaie d'exécuter est le suivant

library(snow)
library(Rmpi)
cl <- makeMPIcluster(mpi.universe.size()-1)
stopCluster(cl)
mpi.quit()

Il fonctionne sans les problèmes sur R 2.11. (Je lance le script avec mpirun -H localhost,n1,n2,n3,n4 -n 1 R --slave -f code.R ). Maintenant, lorsque j'essaie de le faire avec R 2.14.2, j'obtiens le message suivant :

Error: This is R 2.11.1, package 'snow' needs >= 2.12.1
In addition: Warning message:

Il semble donc que R charge la version du paquet snow compilée pour R 2.11. J'ai installé snow sous R 2.14 dans mon dossier personnel et j'ai ajouté les lignes suivantes à mon code :

.libPaths("/soft/R/lib/R/library")
.libPaths("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.11")
print(.libPaths())
print(sessionInfo())
print(version)

Et la sortie avant l'erreur confirme que j'utilise bien R 2.14.2 et que mon dossier de paquets R est le premier dans le chemin de recherche. Mais je reçois toujours l'erreur.

Ma question est donc la suivante : comment puis-je déterminer quelle version du paquet est chargée dans R ? Je peux voir avec installed.packages tous les paquets qui sont installés, alors peut-être existe-t-il une fonction qui liste des informations similaires pour les paquets chargés ?

Answer 1

Vous pouvez utiliser sessionInfo() pour y parvenir.

> sessionInfo()
R version 2.15.0 (2012-03-30)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8    LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] graphics  grDevices utils     datasets  stats     grid      methods   base     

other attached packages:
[1] ggplot2_0.9.0  reshape2_1.2.1 plyr_1.7.1    

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] colorspace_1.1-1   dichromat_1.2-4    digest_0.5.2       MASS_7.3-18        memoise_0.1        munsell_0.3       
 [7] proto_0.3-9.2      RColorBrewer_1.0-5 scales_0.2.0       stringr_0.6       
> 

Cependant, selon les commentaires et la réponse ci-dessous, il existe de meilleures options.

> packageVersion("snow")

[1] '0.3.9'

Ou :

"Rmpi" %in% loadedNamespaces()

Answer 2

Vous pouvez utiliser packageVersion pour voir quelle version d'un paquet est chargée

> packageVersion("snow")
[1] ‘0.3.9’

Bien qu'il semble que vous souhaitiez connaître la version de R que vous utilisez, dans ce cas, l'outil de @Justin sessionInfo la suggestion est la voie à suivre

Answer 3

Techniquement parlant, toutes les réponses à ce jour sont fausses. packageVersion ne renvoie pas la version du paquet chargé. Elle va sur le disque et y récupère la version du paquet.

Cela ne fera pas de différence dans la plupart des cas, mais parfois cela en fait une. Pour autant que je sache, la seule façon d'obtenir la version d'un fichier chargé Le paquet est plutôt pirate :

asNamespace(pkg)$`.__NAMESPACE__.`$spec[["version"]]

où pkg est le nom du paquet.

EDIT : Je ne suis pas sûr quand cette fonction a été ajoutée, mais vous pouvez aussi utiliser getNamespaceVersion c'est plus propre :

getNamespaceVersion(pkg)

Answer 4

Pour vérifier la version de R, exécutez : R --version

Ou bien, une fois que vous êtes dans le shell R, imprimez le contenu du fichier version$version.string

EDIT

Pour vérifier la version des paquets installés, procédez comme suit.

Après avoir chargé la bibliothèque, vous pouvez exécuter sessionInfo ()

Mais pour connaître la liste de tous les paquets installés :

packinfo <- installed.packages(fields = c("Package", "Version"))
packinfo[,c("Package", "Version")]

OU pour extraire une version spécifique de la bibliothèque, une fois que vous avez extrait les informations à l'aide de la fonction installed.package comme ci-dessus, utilisez simplement le nom du paquet dans la première dimension de la matrice.

packinfo["RANN",c("Package", "Version")]
packinfo["graphics",c("Package", "Version")]

Ce qui précède imprimera les versions de la bibliothèque RANN et de la bibliothèque graphique.

Answer 5

Vous pouvez essayer quelque chose comme ça :

1. package_version(R.version)

2. getRversion()