Windows + virtualenv + pip + NumPy (problèmes lors de l'installation de NumPy)

Question

Sous Windows, je n'utilise normalement que le programme d'installation binaire, mais je voudrais installer NumPy seulement dans un env virtuel cette fois, donc j'ai créé un env virtuel :

virtualenv --no-site-packages --distribute summary_python
cd summary_python/Scripts
activate.bat

J'ai ensuite essayé d'installer NumPy

pip install numpy

Et je reçois une erreur. Mon pip.log est collé ci-dessous :

Downloading/unpacking numpy
  Running setup.py egg_info for package numpy
    non-existing path in 'numpy\\distutils': 'site.cfg'
    F2PY Version 2
    blas_opt_info:
    blas_mkl_info:
      libraries mkl,vml,guide not found in c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib
      libraries mkl,vml,guide not found in C:\
      NOT AVAILABLE

    atlas_blas_threads_info:
    Setting PTATLAS=ATLAS
      libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib
      libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in C:\
      NOT AVAILABLE

    atlas_blas_info:
      libraries f77blas,cblas,atlas not found in c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib
      libraries f77blas,cblas,atlas not found in C:\
      NOT AVAILABLE

    blas_info:
      libraries blas not found in c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib
      libraries blas not found in C:\
      NOT AVAILABLE

    blas_src_info:
      NOT AVAILABLE

      NOT AVAILABLE

    lapack_opt_info:
    lapack_mkl_info:
    mkl_info:
      libraries mkl,vml,guide not found in c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib
      libraries mkl,vml,guide not found in C:\
      NOT AVAILABLE

      NOT AVAILABLE

    atlas_threads_info:
    Setting PTATLAS=ATLAS
      libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib
      libraries lapack_atlas not found in c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib
      libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in C:\
      libraries lapack_atlas not found in C:\
    numpy.distutils.system_info.atlas_threads_info
      NOT AVAILABLE

    atlas_info:
      libraries f77blas,cblas,atlas not found in c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib
      libraries lapack_atlas not found in c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib
      libraries f77blas,cblas,atlas not found in C:\
      libraries lapack_atlas not found in C:\
    numpy.distutils.system_info.atlas_info
      NOT AVAILABLE

    lapack_info:
      libraries lapack not found in c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib
      libraries lapack not found in C:\
      NOT AVAILABLE

    lapack_src_info:
      NOT AVAILABLE

      NOT AVAILABLE

    running egg_info
    running build_src
    build_src
    building py_modules sources
    building library "npymath" sources
    No module named msvccompiler in numpy.distutils; trying from distutils
    Running from numpy source directory.c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\build\numpy\numpy\distutils\system_info.py:531: UserWarning: Specified path  is invalid.
      warnings.warn('Specified path %s is invalid.' % d)
    c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\build\numpy\numpy\distutils\system_info.py:1417: UserWarning:
        Atlas (http://math-atlas.sourceforge.net/) libraries not found.
        Directories to search for the libraries can be specified in the
        numpy/distutils/site.cfg file (section [atlas]) or by setting
        the ATLAS environment variable.
      warnings.warn(AtlasNotFoundError.__doc__)
    c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\build\numpy\numpy\distutils\system_info.py:1426: UserWarning:
        Blas (http://www.netlib.org/blas/) libraries not found.
        Directories to search for the libraries can be specified in the
        numpy/distutils/site.cfg file (section [blas]) or by setting
        the BLAS environment variable.
      warnings.warn(BlasNotFoundError.__doc__)
    c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\build\numpy\numpy\distutils\system_info.py:1429: UserWarning:
        Blas (http://www.netlib.org/blas/) sources not found.
        Directories to search for the sources can be specified in the
        numpy/distutils/site.cfg file (section [blas_src]) or by setting
        the BLAS_SRC environment variable.
      warnings.warn(BlasSrcNotFoundError.__doc__)
    c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\build\numpy\numpy\distutils\system_info.py:1333: UserWarning:
        Atlas (http://math-atlas.sourceforge.net/) libraries not found.
        Directories to search for the libraries can be specified in the
        numpy/distutils/site.cfg file (section [atlas]) or by setting
        the ATLAS environment variable.
      warnings.warn(AtlasNotFoundError.__doc__)
    c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\build\numpy\numpy\distutils\system_info.py:1344: UserWarning:
        Lapack (http://www.netlib.org/lapack/) libraries not found.
        Directories to search for the libraries can be specified in the
        numpy/distutils/site.cfg file (section [lapack]) or by setting
        the LAPACK environment variable.
      warnings.warn(LapackNotFoundError.__doc__)
    c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\build\numpy\numpy\distutils\system_info.py:1347: UserWarning:
        Lapack (http://www.netlib.org/lapack/) sources not found.
        Directories to search for the sources can be specified in the
        numpy/distutils/site.cfg file (section [lapack_src]) or by setting
        the LAPACK_SRC environment variable.
      warnings.warn(LapackSrcNotFoundError.__doc__)
    error: Unable to find vcvarsall.bat
    Complete output from command python setup.py egg_info:
    non-existing path in 'numpy\\distutils': 'site.cfg'

F2PY Version 2

blas_opt_info:

blas_mkl_info:

  libraries mkl,vml,guide not found in c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib

  libraries mkl,vml,guide not found in C:\

  NOT AVAILABLE

atlas_blas_threads_info:

Setting PTATLAS=ATLAS

  libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib

  libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in C:\

  NOT AVAILABLE

atlas_blas_info:

  libraries f77blas,cblas,atlas not found in c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib

  libraries f77blas,cblas,atlas not found in C:\

  NOT AVAILABLE

blas_info:

  libraries blas not found in c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib

  libraries blas not found in C:\

  NOT AVAILABLE

blas_src_info:

  NOT AVAILABLE

  NOT AVAILABLE

lapack_opt_info:

lapack_mkl_info:

mkl_info:

  libraries mkl,vml,guide not found in c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib

  libraries mkl,vml,guide not found in C:\

  NOT AVAILABLE

  NOT AVAILABLE

atlas_threads_info:

Setting PTATLAS=ATLAS

  libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib

  libraries lapack_atlas not found in c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib

  libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in C:\

  libraries lapack_atlas not found in C:\

numpy.distutils.system_info.atlas_threads_info

  NOT AVAILABLE

atlas_info:

  libraries f77blas,cblas,atlas not found in c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib

  libraries lapack_atlas not found in c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib

  libraries f77blas,cblas,atlas not found in C:\

  libraries lapack_atlas not found in C:\

numpy.distutils.system_info.atlas_info

  NOT AVAILABLE

lapack_info:

  libraries lapack not found in c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib

  libraries lapack not found in C:\

  NOT AVAILABLE

lapack_src_info:

  NOT AVAILABLE

  NOT AVAILABLE

running egg_info

running build_src

build_src

building py_modules sources

building library "npymath" sources

No module named msvccompiler in numpy.distutils; trying from distutils

Running from numpy source directory.c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\build\numpy\numpy\distutils\system_info.py:531: UserWarning: Specified path  is invalid.

  warnings.warn('Specified path %s is invalid.' % d)

c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\build\numpy\numpy\distutils\system_info.py:1417: UserWarning:

    Atlas (http://math-atlas.sourceforge.net/) libraries not found.

    Directories to search for the libraries can be specified in the

    numpy/distutils/site.cfg file (section [atlas]) or by setting

    the ATLAS environment variable.

  warnings.warn(AtlasNotFoundError.__doc__)

c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\build\numpy\numpy\distutils\system_info.py:1426: UserWarning:

    Blas (http://www.netlib.org/blas/) libraries not found.

    Directories to search for the libraries can be specified in the

    numpy/distutils/site.cfg file (section [blas]) or by setting

    the BLAS environment variable.

  warnings.warn(BlasNotFoundError.__doc__)

c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\build\numpy\numpy\distutils\system_info.py:1429: UserWarning:

    Blas (http://www.netlib.org/blas/) sources not found.

    Directories to search for the sources can be specified in the

    numpy/distutils/site.cfg file (section [blas_src]) or by setting

    the BLAS_SRC environment variable.

  warnings.warn(BlasSrcNotFoundError.__doc__)

c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\build\numpy\numpy\distutils\system_info.py:1333: UserWarning:

    Atlas (http://math-atlas.sourceforge.net/) libraries not found.

    Directories to search for the libraries can be specified in the

    numpy/distutils/site.cfg file (section [atlas]) or by setting

    the ATLAS environment variable.

  warnings.warn(AtlasNotFoundError.__doc__)

c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\build\numpy\numpy\distutils\system_info.py:1344: UserWarning:

    Lapack (http://www.netlib.org/lapack/) libraries not found.

    Directories to search for the libraries can be specified in the

    numpy/distutils/site.cfg file (section [lapack]) or by setting

    the LAPACK environment variable.

  warnings.warn(LapackNotFoundError.__doc__)

c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\build\numpy\numpy\distutils\system_info.py:1347: UserWarning:

    Lapack (http://www.netlib.org/lapack/) sources not found.

    Directories to search for the sources can be specified in the

    numpy/distutils/site.cfg file (section [lapack_src]) or by setting

    the LAPACK_SRC environment variable.

  warnings.warn(LapackSrcNotFoundError.__doc__)

error: Unable to find vcvarsall.bat

----------------------------------------
Command python setup.py egg_info failed with error code 1
Exception information:
Traceback (most recent call last):
  File "c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib\site-packages\pip-1.0.1-py2.7.egg\pip\basecommand.py", line 126, in main
    self.run(options, args)
  File "c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib\site-packages\pip-1.0.1-py2.7.egg\pip\commands\install.py", line 223, in run
    requirement_set.prepare_files(finder, force_root_egg_info=self.bundle, bundle=self.bundle)
  File "c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib\site-packages\pip-1.0.1-py2.7.egg\pip\req.py", line 986, in prepare_files
    req_to_install.run_egg_info()
  File "c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib\site-packages\pip-1.0.1-py2.7.egg\pip\req.py", line 222, in run_egg_info
    command_desc='python setup.py egg_info')
  File "c:\Users\fname.lname\Documents\summary_python\lib\site-packages\pip-1.0.1-py2.7.egg\pip\__init__.py", line 255, in call_subprocess
    % (command_desc, proc.returncode))
InstallationError: Command python setup.py egg_info failed with error code 1

Answer 1

J'ai réussi à installer les binaires de NumPy dans un virtualenv avec le bon vieux easy_install et un petit peu de magie de désarchivage.

En numpy-1.x.x-win32-superpack-python2.x.exe que vous téléchargez à partir de SourceForge n'est en réalité qu'un mince emballage autour de trois distributions binaires distinctes (avec ESS3 , SSE2 ou sans SSE, en fonction des capacités de votre CPU). Si vous ouvrez le fichier EXE de superpack dans le programme 7-Zip (ou un autre utilitaire d'archivage), vous pouvez extraire ces fichiers de configuration individuels quelque part pour les utiliser séparément.

Ensuite, activez votre environnement virtuel, et exécutez

easy_install c:\path\to\extracted\numpy-1.x.x-sse3.exe

pour installer les binaires optimisés pour SSE3, par exemple. easy_install est assez intelligent pour trouver tout ce dont il a besoin à l'intérieur de cette wininst et extraira le fichier compilé œuf dans le dossier site-packages de votre virtualenv. Je peux également confirmer que pip est toujours capable de reconnaître et/ou de désinstaller NumPy lorsque vous faites cela, et que l'utilisation de pip pour installer d'autres paquets qui dépendent de NumPy fonctionne très bien.

Le seul problème est de savoir quel niveau d'optimisation utiliser (SSE3, SSE2 ou no-SSE). Si vous avez un un processeur raisonnablement moderne (plus récent que, par exemple, un Pentium 4 ou Athlon 64 ), il est probablement plus sûr d'opter pour le SSE3 complet. Vous pouvez probablement aussi exécuter la suite de tests pour confirmer que tout fonctionne comme prévu.

---

J'ai trouvé le easy_install Cette "astuce" s'avère très utile pour installer toutes sortes de paquets binaires dans un virtualenv. Même si j'ai installé tous les compilateurs nécessaires sur ma machine, il est généralement plus facile/rapide/sûr de s'en tenir à la version officielle lorsqu'elle est fournie.

Answer 2

Puisque pip ne peut installer qu'à partir des sources, vous devez avoir la configuration pour construire et compiler. NumPy pour pouvoir utiliser pip. Je n'ai jamais essayé cela.

Ce que j'ai fait récemment pour obtenir NumPy, SciPy y Matplotlib dans un environnement virtuel sur Windows 7 est de copier les répertoires et œuf de mon installation Python normale directement dans l'environnement virtuel. Pour Matplotlib, j'ai également réussi à dézipper l'installateur binaire directement dans l'environnement virtuel (je n'ai essayé que pour l'installateur de Gohlke pour Python 3.2).

J'ai réussi dans le passé à installer facilement NumPy dans un virtualenv à partir d'une distribution binaire, mais je n'y suis pas parvenu cette fois-ci (NumPy 1.5.1).

Quelqu'un a recommandé http://pypi.python.org/pypi/pyg qui devrait permettre d'installer à partir de paquets binaires dans un virtualenv, mais je ne l'ai pas encore essayé.

Answer 3

Je n'ai pas eu à faire le tour de déballer le fichier .exe. J'ai juste activé mon environnement virtuel, et ensuite :

easy_install numpy