Pourquoi le changement de nom de ma colonne ne fonctionne-t-il pas dans R ?

Question

C'est une partie d'un script que j'écris pour fusionner les colonnes de manière plus complète après l'utilisation de merge() . Si les deux ensembles de données ont une colonne avec le même nom merge() vous donne des colonnes column.x y column.y .
J'ai écrit un script pour rassembler ces données et supprimer les colonnes inutiles (qui seraient column.y y column.x_error une colonne que j'ai ajoutée pour donner des avertissements au cas où dat$column.x != dat$column.y) .
Je veux aussi renommer column.x a column afin de réduire les actions manuelles inutiles dans mon ensemble de données. Je n'ai pas réussi à renommer column.x a column voir le code pour plus d'informations.

dat est obtenu en faisant un dat = merge(data1,data2, by= "ID", all.x=TRUE)

#obtain a list of double columns
dubbelkol = cbind()
sorted = sort(names(dat))
for(i in as.numeric(1:length(names(dat)))) {
  if(grepl(".x",sorted[i])){
    if (grepl(".y", sorted[i+1]) && (sub(".x","",sorted[i])==sub(".y","",sorted[i+1]))){
      dubbelkol = cbind(dubbelkol,sorted[i],sorted[i+1])
    } 
  }  
}

#Check data, fill in NA in column.x from column.y if poss
temp = cbind()
for (p in as.numeric(1:(length(dubbelkol)-1))){
  if(grepl(".x",dubbelkol[p])){
    dat[dubbelkol[p]][is.na(dat[dubbelkol[p]])] = dat[dubbelkol[p+1]][is.na(dat[dubbelkol[p]])]
    temp = (dat[dubbelkol[p]] != dat[dubbelkol[p+1]])
    colnames(temp) = (paste(dubbelkol[p],"_error", sep=""))
    dat[colnames(temp)] = temp
  }
}
#If every value in "column.x_error" is TRUE or NA, delete "column.y" and "column.x_error"
#Rename "column.x" to "column"
#from here until next comment everything works
droplist= c()
for (k in as.numeric(1:length(names(dat)))) {
  if (grepl(".x_error",colnames(dat[k]))) {
    if (all(dat[k]==FALSE, na.rm = TRUE)) {
      droplist = c(droplist,colnames(dat[k]), sub(".x_error",".y",colnames(dat[k])))
#the next line doesnt work, it's supposed to turn the .x column back to "" before the .y     en .y_error columns are dropped.
      colnames(dat[sub(".x_error",".x",colnames(dat[k]))])= paste(sub(".x_error","",colnames(dat[k])))
    }
  }
}
dat = dat[,!names(dat) %in% droplist]

paste(sub(".x_error","",colnames(dat[k]))) me donnera "BNR" très bien, mais le colnames(...) = ... ne changera pas le nom de la colonne dans dat .

Une idée de ce qui ne va pas ?

data1
+----+-------+
| ID | BNR   | 
+----+-------+
|  1 | 123   | 
|  2 | 234   |
|  3 | NA    | 
|  4 | 456   | 
|  5 | 677   |
|  6 | NA    | 
+----+-------+

data2
+----+-------+
| ID | BNR   | 
+----+-------+
|  1 | 123   | 
|  2 | 234   |
|  3 | 345   | 
|  4 | 456   | 
|  5 | 677   |
|  6 | NA    | 
+----+-------+
dat
+----+-------+-------+-----------+
| ID | BNR.x | BNR.y |BNR.x_error|
+----+-------+-------+-----------+
|  1 | 123   | NA    |FALSE      |
|  2 | 234   | 234   |FALSE      |
|  3 | NA    | 345   |FALSE      |
|  4 | 456   | 456   |FALSE      |
|  5 | 677   | 677   |FALSE      |
|  6 | NA    | NA    |NA         |
+----+-------+-------+-----------+

desired output
+----+-------+
| ID | BNR   | 
+----+-------+
|  1 | 123   |
|  2 | 234   | 
|  3 | 345   | 
|  4 | 456   | 
|  5 | 677   | 
|  6 | NA    | 
+----+-------+

Answer 1

Je suggère de les remplacer :

sub(".x_error",".x",colnames(dat[k]))]

avec :

sub("\\.x_error", "\\.x", colnames(dat[k]))] 

si vous souhaitez remplacer un . . Tu dois t'échapper . con \\. . A . en regex signifie any character .

Encore mieux, puisque vous remplacez . con . pourquoi ne pas simplement dire :

sub("x_error", "x", colnames(dat[k]))] 

(ou) s'il n'y a pas d'autre _error autre que x_error tout simplement :

sub("_error", "", colnames(dat[k]))] 

Edita: Le problème semble être que votre format de données semble charger des colonnes supplémentaires à gauche et à droite. Vous pouvez sélectionner les colonnes que vous voulez d'abord et les fusionner ensuite.

d1 <- read.table(textConnection("| ID | BNR   | 
|  1 | 123   | 
|  2 | 234   |
|  3 | NA    | 
|  4 | 456   | 
|  5 | 677   |
|  6 | NA    |"), sep = "|", header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE)[,2:3]

d1$BNR <- as.numeric(d1$BNR)

d2 <- read.table(textConnection("|  1 | 123   | 
|  2 | 234   |
|  3 | 345   | 
|  4 | 456   | 
|  5 | 677   |
|  6 | NA    |"), header = FALSE, sep = "|", stringsAsFactors = FALSE)[,2:3]

names(d2) <- c("ID", "BNR")
d2$BNR <- as.numeric(d2$BNR)

# > d1
#   ID BNR
# 1  1 123
# 2  2 234
# 3  3  NA
# 4  4 456
# 5  5 677
# 6  6  NA

# > d2
#   ID BNR
# 1  1 123
# 2  2 234
# 3  3 345
# 4  4 456
# 5  5 677
# 6  6  NA

dat <- merge(d1, d2, by="ID", all=T)
> dat

#   ID BNR.x BNR.y
# 1  1   123   123
# 2  2   234   234
# 3  3    NA   345
# 4  4   456   456
# 5  5   677   677
# 6  6    NA    NA

# replace all NA values in x from y
dat$BNR.x <- ifelse(is.na(dat$BNR.x), dat$BNR.y, dat$BNR.x)

# now remove y
dat$BNR.y <- null