Construire une légende manuelle pour un tracé compliqué

Question

Je ne parviens pas à trouver comment configurer manuellement une légende pour ce graphique. Tout ce que je veux vraiment, c'est une simple légende à droite qui utilise les trois couleurs et qui comporte un nom à côté de chacune d'elles.

Le code actuel ressemble à ceci :

a <-c("S1","S2","S3","S4","S5","S6","S7","S8","S9") #names
b <-c(0.23,0.26,0.55,0.56,0.36,0.23,0.18,0.06,0.04) #mean t0
c <-c(0.64,0.6,0.81,1.4,0.89,0.55,0.48,0.22,0.09) #mean t1
d <-c(0.20,0.23,0.52,0.53,0.33,0.20,0.15,0.04,0.03) #SD low t0
e <-c(0.26,0.29,0.58,.59,0.39,0.26,0.21,0.08,0.05) #SD high t0
f <-c(0.67,0.63,0.86,1.44,0.93,0.59,0.51,0.25,0.10) #SD high t1
g <-c(0.61,0.57,0.78,1.36,0.85,0.53,0.45,0.19,0.08) #SD low t1
h <-c(0.41,0.34,0.26,0.84,0.53,0.32,0.30,0.16,0.05) #absolute change

data <- data.frame(a,b,c,d,e,f,g,h)

ggplot(data=data,aes(a)) + 
  geom_bar(stat="identity", aes(y=h),fill="#62c76b",colour="#333333")+ #green
  geom_line(aes(y=b,group=1),size=1.0,colour="#f04546") +   #red
  geom_point(aes(y=b),size=3, colour="#f04546") +           #red
  geom_errorbar(aes(ymin=d, ymax=e), colour="#f04546", width=0.1, size=.8) + 
  geom_line(aes(y=c,group=1),size=1.0,colour="#3591d1") +   #blue 
  geom_point(aes(y=c),size=3, colour="#3591d1") +           #blue
  geom_errorbar(aes(ymin=f, ymax=g), colour="#3591d1", width=0.1, size=.8) + 
  ylab("Symptom severity") + xlab("PHQ-9 symptoms") +
  ylim(0,1.6) +
  theme_bw() +
  theme(axis.title.x = element_text(size = 15, vjust=-.2)) +
  theme(axis.title.y = element_text(size = 15, vjust=0.3))

Answer 1

Vous devez faire correspondre les attributs à l'esthétique (couleurs dans la déclaration aes) pour produire une légende.

cols <- c("LINE1"="#f04546","LINE2"="#3591d1","BAR"="#62c76b")
ggplot(data=data,aes(x=a)) + 
  geom_bar(stat="identity", aes(y=h, fill = "BAR"),colour="#333333")+ #green
  geom_line(aes(y=b,group=1, colour="LINE1"),size=1.0) +   #red
  geom_point(aes(y=b, colour="LINE1"),size=3) +           #red
  geom_errorbar(aes(ymin=d, ymax=e, colour="LINE1"), width=0.1, size=.8) + 
  geom_line(aes(y=c,group=1,colour="LINE2"),size=1.0) +   #blue 
  geom_point(aes(y=c,colour="LINE2"),size=3) +           #blue
  geom_errorbar(aes(ymin=f, ymax=g,colour="LINE2"), width=0.1, size=.8) + 
  scale_colour_manual(name="Error Bars",values=cols) + scale_fill_manual(name="Bar",values=cols) +
  ylab("Symptom severity") + xlab("PHQ-9 symptoms") +
  ylim(0,1.6) +
  theme_bw() +
  theme(axis.title.x = element_text(size = 15, vjust=-.2)) +
  theme(axis.title.y = element_text(size = 15, vjust=0.3))

Je comprends le point de vue de Roland, mais étant donné qu'il ne s'agit que de 3 attributs, et que la superposition des barres et des barres d'erreur entraîne des complications, il peut être raisonnable de laisser les données en format large telles qu'elles sont. La complexité pourrait être légèrement réduite en en utilisant geom_pointrange .

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Pour changer la couleur de fond de la légende des barres d'erreur dans l'original, ajoutez + theme(legend.key = element_rect(fill = "white",colour = "white")) à la spécification de la parcelle. Pour fusionner différentes légendes, il faut généralement disposer d'un mappage cohérent pour tous les éléments, mais cela produit actuellement un artefact de fond noir pour moi. Je pensais guide = guide_legend(fill = NULL,colour = NULL) devait définir l'arrière-plan de la légende comme nul, mais ce n'est pas le cas. Cela vaut peut-être la peine de poser une autre question.

ggplot(data=data,aes(x=a)) + 
  geom_bar(stat="identity", aes(y=h,fill = "BAR", colour="BAR"))+ #green
  geom_line(aes(y=b,group=1, colour="LINE1"),size=1.0) +   #red
  geom_point(aes(y=b, colour="LINE1", fill="LINE1"),size=3) +           #red
  geom_errorbar(aes(ymin=d, ymax=e, colour="LINE1"), width=0.1, size=.8) + 
  geom_line(aes(y=c,group=1,colour="LINE2"),size=1.0) +   #blue 
  geom_point(aes(y=c,colour="LINE2", fill="LINE2"),size=3) +           #blue
  geom_errorbar(aes(ymin=f, ymax=g,colour="LINE2"), width=0.1, size=.8) + 
  scale_colour_manual(name="Error Bars",values=cols, guide = guide_legend(fill = NULL,colour = NULL)) + 
  scale_fill_manual(name="Bar",values=cols, guide="none") +
  ylab("Symptom severity") + xlab("PHQ-9 symptoms") +
  ylim(0,1.6) +
  theme_bw() +
  theme(axis.title.x = element_text(size = 15, vjust=-.2)) +
  theme(axis.title.y = element_text(size = 15, vjust=0.3))

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Pour supprimer l'arrière-plan noir de la légende, vous devez utiliser l'attribut override.aes à l'argument guide_legend . L'objectif est de vous permettre de spécifier un aspect particulier de la légende qui n'est peut-être pas attribué correctement.

ggplot(data=data,aes(x=a)) + 
  geom_bar(stat="identity", aes(y=h,fill = "BAR", colour="BAR"))+ #green
  geom_line(aes(y=b,group=1, colour="LINE1"),size=1.0) +   #red
  geom_point(aes(y=b, colour="LINE1", fill="LINE1"),size=3) +           #red
  geom_errorbar(aes(ymin=d, ymax=e, colour="LINE1"), width=0.1, size=.8) + 
  geom_line(aes(y=c,group=1,colour="LINE2"),size=1.0) +   #blue 
  geom_point(aes(y=c,colour="LINE2", fill="LINE2"),size=3) +           #blue
  geom_errorbar(aes(ymin=f, ymax=g,colour="LINE2"), width=0.1, size=.8) + 
  scale_colour_manual(name="Error Bars",values=cols, 
                      guide = guide_legend(override.aes=aes(fill=NA))) + 
  scale_fill_manual(name="Bar",values=cols, guide="none") +
  ylab("Symptom severity") + xlab("PHQ-9 symptoms") +
  ylim(0,1.6) +
  theme_bw() +
  theme(axis.title.x = element_text(size = 15, vjust=-.2)) +
  theme(axis.title.y = element_text(size = 15, vjust=0.3))

Answer 2

Au cas où vous auriez du mal à changer linetypes la réponse suivante devrait vous aider. (Il s'agit d'un ajout à la solution par Andy W .)

Nous allons essayer d'étendre le modèle appris :

cols <- c("LINE1"="#f04546","LINE2"="#3591d1","BAR"="#62c76b")
line_types <- c("LINE1"=1,"LINE2"=3)
ggplot(data=data,aes(x=a)) + 
  geom_bar(stat="identity", aes(y=h,fill = "BAR"))+ #green
  geom_line(aes(y=b,group=1, colour="LINE1", linetype="LINE1"),size=0.5) +   #red
  geom_point(aes(y=b, colour="LINE1", fill="LINE1"),size=2) +           #red
  geom_line(aes(y=c,group=1,colour="LINE2", linetype="LINE2"),size=0.5) +   #blue 
  geom_point(aes(y=c,colour="LINE2", fill="LINE2"),size=2) +           #blue
  scale_colour_manual(name="Error Bars",values=cols, 
                  guide = guide_legend(override.aes=aes(fill=NA))) + 
  scale_linetype_manual(values=line_types)+
  scale_fill_manual(name="Bar",values=cols, guide="none") +
  ylab("Symptom severity") + xlab("PHQ-9 symptoms") +
  ylim(0,1.6) +
  theme_bw() +
  theme(axis.title.x = element_text(size = 15, vjust=-.2)) +
  theme(axis.title.y = element_text(size = 15, vjust=0.3))

Cependant, nous obtenons le résultat suivant :

Le problème est que le linetype n'est pas fusionné dans la légende principale. Notez que nous n'avons pas donné de nom à la méthode scale_linetype_manual . L'astuce qui fonctionne ici est de lui donner le même nom que celui que vous avez utilisé pour nommer scale_colour_manual . Plus précisément, si nous remplaçons la ligne correspondante par la suivante, nous obtenons le résultat souhaité :

scale_linetype_manual(name="Error Bars",values=line_types)

Maintenant, il est facile de modifier la taille de la ligne avec la même idée.

Notez que le geom_bar n'a plus la propriété de la couleur. (Je n'ai pas essayé de résoudre ce problème.) De même, l'ajout de la propriété geom_errorbar avec un attribut de couleur gâche le résultat. Ce serait formidable si quelqu'un pouvait trouver une meilleure solution qui résout également ces deux problèmes.