Je travaille sur un outil javascript permettant aux développeurs de gérer les superpositions d'images : https://github.com/frontfoot/overlay_me
J'ai trouvé une autre solution qui correspond à votre besoin : http://makiapp.com/
Ma version de l'outil est un peu plus orientée vers les développeurs, car vous pouvez avoir un pack d'images superposées qui se chargent automatiquement par projet, et aussi garder la possibilité d'inspecter les éléments DOM tout en superposant des choses.
L'outil makiapp est plus accessible, orienté vers les concepteurs, où vous pouvez télécharger un fichier local.
Mon outil en est à sa première étape et j'ai besoin d'un retour d'information ;)