Installation de SciPy et NumPy à l'aide de pip

Question

J'essaie de créer les bibliothèques nécessaires dans un paquet que je distribue. Il nécessite à la fois la bibliothèque SciPy y NumPy bibliothèques. Lors du développement, j'ai installé les deux en utilisant

apt-get install scipy

qui a installé SciPy 0.9.0 et NumPy 1.5.1, et cela a bien fonctionné.

J'aimerais faire la même chose en utilisant pip install - afin de pouvoir spécifier des dépendances dans un setup.py de mon propre paquetage.

Le problème, c'est que lorsque j'essaie :

pip install 'numpy==1.5.1'

cela fonctionne bien.

Mais ensuite

pip install 'scipy==0.9.0'

échoue lamentablement, avec

raise self.notfounderror(self.notfounderror.__doc__)

numpy.distutils.system_info.BlasNotFoundError:

Blas (http://www.netlib.org/blas/) libraries not found.

Directories to search for the libraries can be specified in the

numpy/distutils/site.cfg file (section [blas]) or by setting

the BLAS environment variable.

Comment le faire fonctionner ?

Answer 1

Cela a fonctionné pour moi sur Ubuntu 14.04 :

sudo apt-get install libblas-dev liblapack-dev libatlas-base-dev gfortran
pip install scipy

Answer 2

Vous avez besoin des paquets libblas et liblapack dev si vous utilisez Ubuntu.

aptitude install libblas-dev liblapack-dev
pip install scipy

Answer 3

Dans ma réponse, je suppose que j'ai une expérience de Linux ; j'ai constaté qu'il y a trois conditions préalables à l'obtention de l'autorisation d'utiliser le système d'exploitation. pip install scipy de bien se dérouler.

Cliquez ici : Installation de SciPY

Suivez les instructions pour télécharger, construire et exporter la variable env pour BLAS et ensuite LAPACK . Faites attention à ne pas simplement copier-coller les commandes shell - il y aura quelques lignes que vous devrez sélectionner en fonction de votre architecture, etc., et vous devrez également corriger/ajouter les répertoires corrects qu'il suppose incorrectement.

La troisième chose dont vous pourriez avoir besoin est yum install numpy-f2py ou l'équivalent.

Oh, oui et enfin, il se peut que vous ayez besoin de yum install gcc-gfortran comme le sont les bibliothèques ci-dessus Fortran source.

Answer 4

Puisque les instructions précédentes pour l'installation avec yum sont cassées, voici les instructions mises à jour pour l'installation sur quelque chose comme fedora. J'ai testé ceci sur "Amazon Linux AMI 2016.03"

sudo yum install atlas-devel lapack-devel blas-devel libgfortran
pip install scipy

Answer 5

Je travaillais sur un projet qui dépendait de numpy et de scipy. Dans une installation propre de Fedora 23, en utilisant un environnement virtuel Python pour Python 3.4 (a également fonctionné pour Python 2.7), et avec ce qui suit dans mon setup.py (dans le fichier setup() méthode)

setup_requires=[
    'numpy',
],
install_requires=[
    'numpy',
    'scipy',
],

J'ai constaté que je devais exécuter la procédure suivante pour obtenir pip install -e . pour travailler :

pip install --upgrade pip

et

sudo dnf install atlas-devel gcc-{c++,gfortran} subversion redhat-rpm-config

En redhat-rpm-config est pour l'utilisation de scipy de redhat-hardened-cc1 par opposition à l'outil habituel cc1