Comment utiliser R pour calculer le score de Tanimoto/Jacquard en tant que matrice de distance ?

Question

J'aimerais calculer la matrice de distance des lignes d'un tableau dans R en utilisant le score de Tanimoto/Jacquard comme matrice de distance.

Est-ce possible ? Si oui, pourriez-vous m'apprendre à le faire ?

Answer 1

vegan dispose d'un vegdist qui permet de calculer, entre autres, l'indice de Jaccard. En supposant que c'est ce que vous recherchez. Son utilisation est assez simple.

library(vegan)
data(varespec)
vare.dist <- vegdist(varespec, method = "jaccard")

Les autres méthodes disponibles sont les suivantes

method   Dissimilarity index, partial match to "manhattan", "euclidean",
 "canberra", "bray", "kulczynski", "jaccard", "gower", "altGower", "morisita",
 "horn", "mountford", "raup" , "binomial" or "chao"

Answer 2

Je pense que vous aurez plus de chance en cherchant "Jaccard" plutôt que "Jacquard".

• Installer le paquetage 'sos' ( install.packages("sos") )
• Rechercher les fonctions contenant ces chaînes de caractères ( library(sos); findFn("tanimoto jaccard") ).
• Cherchez dans les résultats quelque chose de convenable (il me semble qu'il s'agit de cette est probablement votre meilleure option ; install.packages("ade4"); library("ade4"); ?dist.binary )
• Si vous ne savez pas comment l'utiliser, modifiez votre question en donnant un petit exemple reproductible de ce que vous voulez faire.