Existe-t-il un moyen de créer un graphe à partir d'un fichier d'ontologie à l'aide de Outil graphique en Python ?
J'ai fait quelques recherches et ce que j'ai trouvé est le suivant :
- Graph Tool ne prend pas en charge les fichiers .owl et .rdf.
- Il n'y a pas de moyen évident de convertir une ontologie en un graphe en utilisant cette bibliothèque, pour autant que je sache (j'espère que j'ai raté quelque chose que quelqu'un ici connaît).
Ce que j'ai essayé :
J'ai eu l'idée de convertir les ontologies OWL et OBO en un système d'information de gestion. NetworkX Graph puis à un graphique Graph-tool (parce que tout mon travail précédent a été fait avec Graph-tool).
Méthode 1 : Utilisé sur2nx bibliothèque.
Problèmes :
- Le chargement des ontologies est très lent et s'arrête à mi-chemin.
- Il n'est pas du tout documenté et je n'ai pas pu me faire une idée de son fonctionnement même après avoir consulté le code source (la personne qui l'a créé a été avertie mais n'a pas répondu).
Méthode 2 : Utilisé RDFLib bibliothèque.
J'ai basé ma solution sur ce qui suit répondre mais :
Problèmes :
- La méthode permettant de stocker le graphe de l'ontologie networkx dans un fichier GraphML ne prend pas en charge les éléments suivants les graphes mixtes (arêtes dirigées et non dirigées ensemble) ce qui est exactement ce dont j'ai besoin.
