C'est du pur html : tout élément div chargé après (c'est-à-dire apparaissant après sur la page html) sera toujours devant.
Pour que l'info-bulle du premier graphique précède celle du second, chargez le second dans le premier et définissez sa position en y sur la page en utilisant une position absolue ou relative dans le code css :
J'ai modifié leur ordre, en plaçant les conteneur2 en premier dans le html :
<div id="container2" style="height: 200px"></div>
<div id="container1" style="height: 200px"></div>
Définissez ensuite la position de conteneur2 pour être sous le premier (grâce à l'attribut de style top) :
div[id="container2"] {
position:absolute;
top:200px;
}
Voici le résultat : http://jsfiddle.net/Zw3uM/3/