La seule réponse définitive est d'essayer les deux, de tester et de voir ce qui se passe.
En général, MyISAM est plus rapide pour les écritures et les lectures, mais pas pour les deux en même temps. Lorsque vous écrivez dans une table MyISAM, la table entière est verrouillée jusqu'à ce que l'insertion soit terminée. InnoDB a plus de frais généraux, mais utilise un verrouillage au niveau des lignes, de sorte que les lectures et les écritures peuvent se faire simultanément sans les problèmes liés au verrouillage de la table MyISAM.
Cependant, si je comprends bien, votre problème est un peu différent. Le fait de n'avoir qu'une seule colonne, cette colonne étant une clé primaire, a une incidence importante sur les différentes façons dont MyISAM et InnoDB gèrent les index de clé primaire.
Dans MyISAM, l'index de clé primaire est comme tout autre index secondaire. En interne, chaque ligne possède un identifiant de ligne et les nœuds d'index pointent simplement vers les identifiants de ligne des pages de données. Un index de clé primaire n'est pas traité différemment d'un autre index.
Dans InnoDB, cependant, les clés primaires sont regroupées, ce qui signifie qu'elles restent attachées aux pages de données et garantissent que le contenu des lignes reste dans un ordre physiquement trié sur le disque en fonction de la clé primaire (mais uniquement au sein de pages de données uniques, qui peuvent elles-mêmes être dispersées dans n'importe quel ordre).
Dans ce cas, je m'attends à ce qu'InnoDB ait un avantage dans la mesure où MyISAM devrait essentiellement faire un double travail : écrire l'entier une fois dans les pages de données, puis l'écrire à nouveau dans les pages d'index. InnoDB n'aurait pas à faire cela, l'index de la clé primaire serait identique aux pages de données et n'aurait à écrire qu'une seule fois. Il n'aurait à gérer les données qu'à un seul endroit, alors que MyISAM devrait inutilement gérer deux copies.
Pour l'un ou l'autre des moteurs de stockage, faire quelque chose comme min() ou max() devrait être trivial sur une colonne indexée, ou simplement vérifier l'existence d'un nombre dans l'index. Étant donné que la table ne comporte qu'une seule colonne, aucune recherche dans les signets ne serait nécessaire, car les données seraient entièrement représentées dans l'index lui-même. Cet index devrait être très efficace.
Je ne m'inquiéterais pas non plus de la taille de la table. Lorsque la largeur d'une ligne n'est qu'un entier, il est possible d'insérer un grand nombre de lignes par page d'index ou de données.
