J'ai commencé aujourd'hui à apprendre nim, donc toute sorte de suggestion est la bienvenue.
J'ai essayé d'utiliser argparse en pensant que sa similarité avec la bibliothèque de Python rendrait ma vie plus facile.
J'aimerais avoir une application avec cette interface :
tool [options] File1 File2 ... FileN
mon objet analyseur est comme suit :
var p = newParser(prog):
help("Développer les fichiers FASTA (et FASTQ), imprimer triés par taille de cluster avec la décoration ';size=NNN'.")
flag("-k", "--keep-name", help="Ne pas renommer la séquence, mais utiliser le premier nom de séquence")
flag("-i", "--ignore-size", help="Ne pas tenir compte des annotations 'size=INT;' (elles seront supprimées de toute façon)")
option("-m", "--min-size", help="Imprimer les clusters avec une taille égale ou supérieure à INT séquences", default="0")
option("-p", "--prefix", help = "Préfixe du nom de séquence", default = "seq")
option("-s", "--separator", help = "Séparateur de nom de séquence", default = ".")
flag("-c", "--size-as-comment", help="Imprimer la taille du cluster en commentaire, pas dans le nom de séquence")
arg("inputfile", help="Fichier d'entrée")
Je recherche quelque chose comme nargs="+"
, mais d'après ce que j'ai compris, un entier est attendu, et je n'ai pas compris comment spécifier un nombre arbitraire d'entrées.
Merci !
PS:
- L'outil que j'utilise pour expérimenter se trouve ici