Toute l'idée de la construction incrémentale de l'éclipse est de vous donner de meilleures performances - tout en assurant l'intégrité.
Lorsque vous mettez à jour vos fichiers (via votre outil de gestion du code source) et que des fichiers sont effacés, eclipse le détectera également - et supprimera automatiquement les artefacts correspondants ! eclipse est vraiment intelligent en ce qui concerne les dépendances et il fera de son mieux pour faire les choses correctement sans tout jeter. Bien sûr - la seule condition préalable ici : vous devez actualiser eclipse pour qu'il vérifie le contenu du système de fichiers pour réellement savoir quand les choses ont changé! Et bien sûr, vous voulez avoir l'option construction automatique activée !
Vous devriez voir la construction propre comme un dernier recours. Normalement, vous en avez seulement besoin lorsque l'éclipse est d'une certaine façon "détraquée" à l'intérieur.
Plus de preuves anecdotiques : nos projets eclipse sont grands (une construction propre prend deux minutes et se termine avec plus de 100 000 avertissements). Cela signifie que chaque fetch/rebase git peut entraîner beaucoup de fichiers ajoutés/modifiés/supprimés. Pourtant, je n'ai pas besoin d'exécuter une construction propre - je ne me souviens même pas de la dernière fois où une construction propre était nécessaire. Et pourtant tout fonctionne bien, et aucun pillage de déchets dans mes répertoires de sortie !
L'exception à mes yeux : lorsque vous utilisez des dépôts SVN et des plugins SVN pour eclipse - alors le besoin de "constructions propres" pourrait être sensiblement plus élevé. Comme tous les plugins SVN pour eclipse ne fonctionnent pas parfaitement pour de grands bases de code. Ils font toutes sortes de mises en cache internes - et j'ai vu de nombreux incidents où une construction propre et un redémarrage de l'éclipse étaient nécessaires pour vraiment revenir à un environnement de travail. (pour mémoire : la réponse à de tels problèmes est de se débarrasser de SVN dans eclipse, par exemple en utilisant l'outil git-svn)