Installation de numpy-1.7.1 avec MKL-10.3 en utilisant gcc-4.7.2 sur linux

Question

J'ai essayé d'installer numpy-1.7.1 avec MKL-10.3 sur python-2.7.5 en utilisant gcc-4.7.2 sur un système linux-2.6.18-308.24.1.el5 depuis quelques jours maintenant. Il n'y a pas longtemps, j'ai compilé avec succès R-3.0.1 avec MKL en utilisant le même compilateur.

J'ai modifié le fichier site.cfg dans numpy-1.7.1 comme suit :

[mkl]
library_dirs = /sb/software/libraries/MKL/10.3/lib/intel64
include_dirs = /sb/software/libraries/MKL/10.3/include
mkl_libs = mkl_rt
lapack_libs =

Quand j'appelle python setup.py install, il trouve les bibliothèques MKL pour BLAS et LAPACK. Jusqu'à ce point, il n'y a pas de plainte ni d'avertissement. Ça se casse une fois que j'essaie de faire quelque chose avec numpy.

$ python
 Python 2.7.5 (par défaut, le 31 juillet 2013, 16:54:43)
 [GCC 4.7.2] sur linux2
 Taper "help", "copyright", "credits" ou "license" pour plus d'informations.
 >>> import numpy
 >>> numpy.test('full')
 Exécution des tests unitaires pour numpy
 Version de NumPy 1.7.1
 NumPy est installé dans /sb/project/mjd-574/ndejay/modules/python-2.7.5/lib/python2.7/site-packages/numpy
 Version de Python 2.7.5 (par défaut, le 31 juillet 2013, 16:54:43) [GCC 4.7.2]
 Version de nose 1.3.0
 .................python: erreur de recherche de symbole: /sb/software/libraries/MKL/10.3/lib/intel64/libmkl_intel_thread.so: symbole non défini: omp_get_num_procs

Il semble s'agir d'un problème connu (lien vers la source) où libiomp5 n'est pas chargé par libmkl_rt. Quand j'ajoute le chemin vers libiomp5 à la variable library_dirs dans site.cfg, numpy échoue à détecter toutes les bibliothèques MKL.

J'ai même essayé ce qui suit pour forcer gcc à utiliser ses propres bibliothèques/entêtes openMP, mais en vain.

CFLAGS='-fopenmp -lgomp' python setup.py install

Je serais reconnaissant pour tout type d'aide ou de conseils sur ce sujet. N'hésitez pas à me faire savoir si j'ai omis des informations critiques dans ce fil de discussion.

EDIT : Je suis sur une plateforme x86_64.

Answer 1

Ajout du chemin vers libiomp5 dans l'environnement LD_MODULES_PATH. Les serveurs que j'utilise actuellement utilisent la bibliothèque modules pour gérer les applications et bibliothèques à l'échelle du serveur. J'avais précédemment utilisé uniquement le module autonome MKL/10.3, mais le substituer par ifort_icc/13.0 (qui contient également MKL) a ajouté des chemins liés à icc dans le LD_MODULES_PATH. L'utilisation du même site.cfg tel que décrit ci-dessus semble fonctionner et numpy exécute la suite de tests.

Je ne sais pas si c'est la solution la plus élégante, mais cela fera l'affaire pour l'instant.

Answer 2

Vous devez ajouter le chemin vers libomp5: composer_xe_install_path/compiler/lib/intel64 à votre LD_LIBRARY_PATH. Pour moi, le chemin ressemble à : /opt/apps/intel/16.1/compilers_and_libraries_2016.1.150/linux/compiler/lib/intel64