Une application de service comprend un hôte de site web déjà configuré pour vous. Une bibliothèque de services est une bibliothèque de services qu'un hôte peut référencer et démarrer.
Si vous commencez avec une bibliothèque de services (recommandé), vous pouvez ensuite choisir l'hôte de votre choix (un service Windows, IIS/ASP.NET, ou même une application console) et vous n'aurez qu'à référencer votre bibliothèque à partir de votre nouvel hôte. Le choix d'une application de service limite votre hôte à IIS/ASP.NET (bien que cela puisse convenir à vos besoins, mais limitera les protocoles que vous pouvez utiliser).
Editar : Les modifications apportées à IIS depuis que j'ai écrit ceci permettent une plus grande variété de protocoles sur les services activés par ASP.NET, de sorte que le choix d'une application de service est beaucoup moins limitatif qu'auparavant.