Il dépend de la sophistication de vos utilisateurs cibles. Dans la plupart des cas, vous voulez les isoler du fait que vous exécutez une application basée sur Java. Offrez-leur un installateur natif qui fait les bonnes choses (crée des entrées dans le menu Démarrer, des lanceurs, s'enregistre dans Ajouter/Supprimer des programmes, etc.) et inclut déjà un runtime Java (ainsi l'utilisateur n'a pas besoin de le savoir ou de s'en préoccuper). Je voudrais vous suggérer notre outil d'installation multiplateforme, BitRock InstallBuilder. Bien qu'il ne soit pas basé sur Java, il est couramment utilisé pour empaqueter des applications Java. Il peut être facilement intégré avec Ant et vous pouvez construire des installateurs Windows à partir de Unix/Linux/Mac et vice-versa. Comme les installateurs générés sont natifs, ils ne nécessitent pas d'étape d'auto-extraction ou qu'un JRE soit déjà présent dans le système cible, ce qui signifie des installateurs plus petits et vous évite quelques maux de tête. Je voudrais également mentionner que nous avons des licences gratuites pour les projets open source
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Java WebStart peut être utilisé à partir de n'importe quelle URL comme un système de fichiers tel qu'un CD ou un lecteur réseau. Il ne vous donne pas autant. Remarque : Eclipse n'utilise pas d'installateur, il vous suffit de le décompresser et de l'exécuter. Peut-être que vous n'avez pas besoin d'un installateur.
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De nos jours, il est très simple de déployer une application Java WebStart sur par exemple Google Application Engine.
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C'est dommage que cette question soit fermée. Je ne suis pas d'accord avec la raison indiquée comme étant "basée principalement sur l'opinion". Les réponses fournies ne sont pas basées sur l'opinion mais sur l'expérience. Je suis toujours content de recevoir de bonnes réponses basées sur l'expérience. Ceux qui ne peuvent pas apprendre de l'histoire sont condamnés à la répéter.
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Vous pouvez utiliser jlink (introduit avec JDK 9) pour distribuer des applications Java. Il est inclus dans le JDK. Il construira un JRE dédié pour vous. Vous n'avez pas besoin d'avoir Java installé sur les machines clientes.