Pour l'anecdote, c'est Google App Engine (GAE), nous avons donc jouer avec les règles de Google, non pas avec l'Oracle/Sun règles.
Sous elle, JPA n'est pas adapté pour GAE, il est instable et il ne fonctionne pas comme prévu. Ni Google est prêt à le soutenir, mais le strict minimum.
Et pour l'autre partie, JDO est assez stable en FGA et c'est (dans une certaine mesure) bien documentée par Google.
Toutefois, Google ne recommande pas l'un d'eux.
http://code.google.com/appengine/docs/java/datastore/overview.html
API de bas niveau donnera le meilleur rendement et la FGA est tout au sujet de la performance.
http://gaejava.appspot.com/
Par exemple, ajouter 10 de l'entité
Python :68ms
JDO :378ms
Java Native :30ms