EDIT: Hadley Wickham points que je me suis mal exprimée. R CMD check est en train de jeter des NOTES, pas de mises en garde. Je suis terriblement désolé pour la confusion. C'était mon contrôle.
La version courte
R CMD check lance cette remarque à chaque fois que je utiliser sensible parcelle de création de syntaxe dans ggplot2:
no visible binding for global variable [variable name]
Je comprends pourquoi la R CMD vérifier le fait, mais il semble être la criminalisation de toute une veine de autrement sensible de la syntaxe. Je ne suis pas sûr de ce que les mesures à prendre pour obtenir mon paquet à transmettre R CMD check et admis à CRAN.
L'arrière-plan
Sascha Epskamp précédemment publié sur essentiellement la même question. La différence, je pense, c'est qu' subset()'s man dit qu'il est conçu pour une utilisation interactive.
Dans mon cas, le problème n'est pas sur subset() , mais sur une caractéristique essentielle de l' ggplot2: data = argument.
Un exemple de code que j'ai écris qui génère ces notes
Voici une sous-fonction de mon colis qui ajoute des points à un complot:
JitteredResponsesByContrast <- function (data) {
return(
geom_point(
aes(
x = x.values,
y = y.values
),
data = data,
position = position_jitter(height = 0, width = GetDegreeOfJitter(jj))
)
)
}
R CMD check, sur l'analyse de ce code, va dire
granovagg.contr : JitteredResponsesByContrast: no visible binding for
global variable 'x.values'
granovagg.contr : JitteredResponsesByContrast: no visible binding for
global variable 'y.values'
Pourquoi la R CMD check est à droite
Le chèque est techniquement correcte. x.values et y.values
- Ne sont pas définies localement dans la fonction
JitteredResponsesByContrast() - Ne sont pas pré-définis dans le formulaire
x.values <- [something]soit globalement ou en l'appelant.
Au lieu de cela, ils sont variables au sein d'un dataframe que défini précédemment et est passé dans la fonction JitteredResponsesByContrast().
Pourquoi ggplot2 rend difficile pour apaiser R CMD check
ggplot2 semble encourager l'utilisation d'un data argument. Les données argument, sans doute, est pourquoi ce code s'exécute
library(ggplot2)
p <- ggplot(aes(x = hwy, y = cty), data = mpg)
p + geom_point()
mais ce code va produire un objet n'est pas trouvé d'erreur:
library(ggplot2)
hwy # a variable in the mpg dataset
Deux solutions de rechange, et pourquoi je suis heureux avec ni
Le Micropression stratégie
Matthieu Dowle recommande définition de la problématique des variables à NULL en premier, ce qui dans mon cas ressemble à ceci:
JitteredResponsesByContrast <- function (data) {
x.values <- y.values <- NULL # Setting the variables to NULL first
return(
geom_point(
aes(
x = x.values,
y = y.values
),
data = data,
position = position_jitter(height = 0, width = GetDegreeOfJitter(jj))
)
)
}
J'apprécie cette solution, mais je n'aime pas cela pour trois raisons.
- il ne sert aucun but supplémentaire au-delà de l'apaisement
R CMD check. - elle ne reflète pas l'intention. Il soulève l'espoir que l'
aes()appel voir notre maintenant NULL variables (il ne va pas), tout en occultant le véritable but (faire de la recherche CMD check conscient de variables apparemment, il serait autrement pas possible de savoir ont été tenus de le faire) - Les problèmes 1 et 2 se multiplier parce que chaque fois que vous écrivez une fonction qui retourne un élément de l'intrigue, vous devez ajouter une source de confusion Micropression déclaration
La avec la (les) stratégie
Vous pouvez utiliser with() explicitement signal que les variables en question peut être trouvé à l'intérieur de certains des plus grands de l'environnement. Dans mon cas, à l'aide de with() ressemble à ceci:
JitteredResponsesByContrast <- function (data) {
with(data, {
geom_point(
aes(
x = x.values,
y = y.values
),
data = data,
position = position_jitter(height = 0, width = GetDegreeOfJitter(jj))
)
}
)
}
Cette solution fonctionne. Mais, je n'aime pas cette solution car elle ne fonctionne même pas la façon dont je voudrais attendre d'elle. Si with() étaient vraiment résoudre le problème de pointage de l'interprète à l'endroit où les variables sont, ensuite, je n'aurais même pas besoin de l' data = argument. Mais, with() ne fonctionne pas de cette façon:
library(ggplot2)
p <- ggplot()
p <- p + with(mpg, geom_point(aes(x = hwy, y = cty)))
p # will generate an error saying `hwy` is not found
Donc, encore une fois, je pense que cette solution a les mêmes défauts à la Micropression stratégie:
- J'ai encore à parcourir chaque parcelle de l'élément de la fonction et de l'enveloppement de la logique dans un
with()appel - L'
with()appel est trompeuse. J'ai encore besoin de fournir undata =de l'argument; touswith()fait à l'apaisementR CMD check.
Conclusion
La façon dont je le vois, il y a trois options que j'ai pu prendre:
- Hall d'CRAN pour ignorer la note, en affirmant qu'ils sont "fausses" (en vertu de l' CRAN de la politique), et de le faire à chaque fois que je soumettre un package
- Correction de mon code avec l'un des deux indésirables stratégies (Invalide ou
with()blocs) - Hum vraiment fort et j'espère que le problème disparaît
Aucun des trois me faire plaisir, et je me demandais ce que les gens suggèrent je (et d'autres paquets les développeurs souhaitent puiser dans ggplot2) faut le faire. Merci à tous à l'avance. J'apprécie vraiment votre même la lecture par le biais de ce :-)
