En dehors de ce qui a déjà été dit, deux utilisations très courantes qui n'ont pas été mentionnées sont les suivantes
Les hachages :
Les hachages sont des fonctions à sens unique qui transforment un bloc d'octets en un autre bloc d'octets de taille fixe, par exemple 128 ou 256 bits (SHA/MD5). La conversion des octets résultants en Base64 facilite l'affichage du hachage, notamment lorsque vous comparez une somme de contrôle pour l'intégrité. Les hachages sont si souvent vus en Base64 que de nombreuses personnes confondent Base64 lui-même avec un hachage.
Cryptographie :
Étant donné qu'une clé de chiffrement ne doit pas être du texte mais des octets bruts, il est parfois nécessaire de la stocker dans un fichier ou une base de données, ce pour quoi Base64 s'avère pratique. Il en va de même pour les octets chiffrés qui en résultent.
Notez que bien que Base64 soit souvent utilisé en cryptographie, il ne s'agit pas d'un mécanisme de sécurité. N'importe qui peut reconvertir la chaîne Base64 en ses octets d'origine. Elle ne doit donc pas être utilisée comme un moyen de protéger les données, mais uniquement comme un format permettant d'afficher ou de stocker plus facilement des octets bruts.
Certificats
Les certificats x509 au format PEM sont encodés en base 64. http://how2ssl.com/articles/working_with_pem_files/
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Extrait du manuel de base64_encode() : "Cet encodage est conçu pour que les données binaires survivent au transport par des couches de transport qui ne sont pas propres à 8 bits, comme les corps de courrier."