Quelle est la relation entre les fonctionnalités de R Markdown, Knitr, Pandoc et Bookdown?
Quelle est précisément la "division du travail" entre ces packages lors de la conversion de documents de balisage avec code R incorporé (par exemple .Rnw ou .Rmd ) en résultats finaux (par exemple .pdf ou .html )? Et si Knitr est utilisé pour traiter RMarkdown, que fait le package rmarkdown et en quoi est-il différent du markdown package ?
Pandoc est un convertisseur de document. Il peut convertir à partir d'un certain nombre de différents formats de balisage à de nombreux autres formats, tels que l' .doc, .pdf etc.
Pandoc est un outil de ligne de commande sans interface graphique. Il est indépendant de logiciels, distincte de R. Cependant, il est livré avec R Studio parce qu' rmarkdown s'appuie sur elle pour la conversion de documents.
Pandoc convertit non seulement des documents, mais il ajoute également de la fonctionnalité sur le dessus de la base de démarque de la langue pour lui permettre de soutenir plus de produits complexes.
R Markdown est basé sur markdown:
Markdown est un langage de balisage léger avec plaine de la mise en forme du texte syntaxe conçu de sorte qu'il peut être converti en HTML et de nombreux autres formats. Un abattement de fichier est un fichier texte qui est généralement donnée à l'extension .md.
Comme d'autres langages comme le HTML et Latex, elle est entièrement indépendante de R.
Il n'est pas clairement définie en matière de Démarque standard. Cela a conduit à une fragmentation que les différents fournisseurs d'écrire leurs propres variantes de la langue de corriger les défauts ou ajouter des fonctionnalités manquantes.
markdown est un package R qui convertit .Rmd fichiers en HTML. Il est le prédécesseur de l' rmarkdown, ce qui offre beaucoup plus de fonctionnalités. Il n'est plus recommandé pour une utilisation.
R Markdown est une extension de la syntaxe markdown. R Markdown fichiers sont de simples fichiers texte qui ont généralement l'extension de fichier .Rmd. Ils sont écrits à l'aide d'une extension de la syntaxe markdown qui permet de R code pour être incorporé dans une manière qui peut être ensuite exécuté.
Parce qu'ils devraient être traitées par l' rmarkdown du paquet, il est possible d'utiliser Pandoc syntaxe markdown dans le cadre d'un R markdown fichier. C'est une extension à l'origine de la syntaxe markdown qui fournit des fonctionnalités supplémentaires, comme du HTML brut/Latex et des tables.
Le package R rmarkdown est une bibliothèque qui processes et convertit .Rmd fichiers dans un certain nombre de formats différents.
La fonction de base est de rmarkdown::render qui se tient sur les épaules de pandoc. Cette fonction 'rend le fichier d'entrée pour le format de sortie spécifié à l'aide de pandoc. Si l'entrée nécessite tricoter ensuite, knitr::knit est appelé avant pandoc.
Le RMarkdown paquet but est simplement de fournir raisonnablement bons paramètres par défaut et un R-interface conviviale pour personnaliser Pandoc options..
Le format YAML vu en haut de RMarkdown fichiers est specificially pour les options à passer à l' rmarkdown::render, pour guider le processus de construction.
Notez que RMarkdown ne traite que de la syntaxe markdown. Si vous voulez convertir .Rhtml ou .Rnw le fichier, vous devez utiliser les fonctions de confort construit en Knitr, comme knitr::knit2html et knitr:knit2pdf
Knitr prend un simple document texte avec le code incorporé, exécute le code et "tricote" les résultats dans le document.
Pour par exemple, il convertit
.Rmd) fichier dans un standard de fichier markdown (.md) .Rnw (Sweave) fichier dans .tex format. .Rhtml le fichier en html.La fonction de base est de knitr::knit et par défaut ce sera regardez le document d'entrée et d'essayer de deviner le type de l' - Rnw, Mdm, etc.
Cette fonction centrale effectue trois rôles:
- Une source de l'analyseur, qui examine le document d'entrée et détecte les zones qui sont le code que l'utilisateur souhaite être évalué.
- Un code de l'évaluateur, qui évalue ce code
- Une puissance de moteur de rendu, qui écrit les résultats de l'évaluation le document dans un format interprétable par la crue du type de sortie. Par exemple, si le fichier d'entrée est un .Rmd, la sortie de rendre les marques de la sortie du code de l'évaluation en .md format.
Knitr ne pas convertir entre les formats de documents - tels que la conversion d'un .md en .html. Il ne, cependant, fournir quelques fonctions de confort pour vous aider à utiliser d'autres bibliothèques pour ce faire. Si vous utilisez l' rmarkdown package, vous devez ignorer cette fonctionnalité, car il a été remplacé par rmarkdown::render.
Un exemple est knitr:knit2pdf qui: les mailles de l'entrée Rnw ou Tsrg document, et la compilation au format PDF en utilisant texi2pdf ou rst2pdf'.
Une source potentielle de confusion est - knitr::knit2html, ce qui "est une fonction de commodité à tricoter à l'entrée de démarque source et appelez - markdown::markdownToHTML pour convertir le résultat en HTML". C'est maintenant une fonctionnalité héritée parce que l' markdown colis a été remplacé par l' rmarkdown package. Voir cette note.
Le bookdown paquet est construit sur le haut de la R Markdown, et hérite de la simplicité de la syntaxe Markdown , ainsi que la possibilité de plusieurs types de formats de sortie (PDF/HTML/Word/...).
Il offre des fonctionnalités telles que le multi-HTML de la page de sortie, de numérotation et de la croix-référencement des figures/tableaux/sections/équations, de l'insertion des pièces/annexes, et importer la GitBook style (https://www.gitbook.com) pour créer élégant et attrayant HTML des pages du livre.
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