Je souhaiterais savoir s'il est possible d'obtenir un profil de R -Code d'une manière qui est similaire à matlab Profiler. C'est-à-dire pour savoir quels sont les numéros de ligne qui sont particulièrement lents.
Ce que j'ai réussi à faire jusqu'à présent n'est pas satisfaisant. J'ai utilisé Rprof pour me faire un fichier de profil. En utilisant summaryRprof J'obtiens quelque chose comme ce qui suit :
$by.self self.time self.pct total.time total.pct [.data.frame 0.72 10.1 1.84 25.8 inherits 0.50 7.0 1.10 15.4 data.frame 0.48 6.7 4.86 68.3 unique.default 0.44 6.2 0.48 6.7 deparse 0.36 5.1 1.18 16.6 rbind 0.30 4.2 2.22 31.2 match 0.28 3.9 1.38 19.4 [<-.factor 0.28 3.9 0.56 7.9 levels 0.26 3.7 0.34 4.8 NextMethod 0.22 3.1 0.82 11.5 ...
y
$by.total total.time total.pct self.time self.pct data.frame 4.86 68.3 0.48 6.7 rbind 2.22 31.2 0.30 4.2 do.call 2.22 31.2 0.00 0.0 [ 1.98 27.8 0.16 2.2 [.data.frame 1.84 25.8 0.72 10.1 match 1.38 19.4 0.28 3.9 %in% 1.26 17.7 0.14 2.0 is.factor 1.20 16.9 0.10 1.4 deparse 1.18 16.6 0.36 5.1 ...
Pour être honnête, à partir de ce résultat, je ne vois pas où sont mes goulots d'étranglement parce que (a) j'utilise data.frame assez souvent et (b) je n'utilise jamais "e.g.", deparse . En outre, ce qui est [ ?
Alors j'ai essayé le livre de Hadley Wickham. profr mais il n'était pas plus utile au vu du graphique suivant : 
Existe-t-il un moyen plus pratique de voir quels numéros de ligne et quels appels de fonction particuliers sont lents ?
Ou bien, existe-t-il une littérature que je devrais consulter ?
Tout conseil est le bienvenu.
EDIT 1 :
Sur la base du commentaire de Hadley, je vais coller le code de mon script ci-dessous et la version graphique de base du tracé. Mais notez, que ma question n'est pas liée à ce script spécifique. C'est juste un script aléatoire que j'ai récemment écrit. Je cherche un moyen général de trouver les goulots d'étranglement et d'accélérer le processus. R -code.
Les données ( x ) ressemble à ceci :
type word response N Classification classN Abstract ANGER bitter 1 3a 3a Abstract ANGER control 1 1a 1a Abstract ANGER father 1 3a 3a Abstract ANGER flushed 1 3a 3a Abstract ANGER fury 1 1c 1c Abstract ANGER hat 1 3a 3a Abstract ANGER help 1 3a 3a Abstract ANGER mad 13 3a 3a Abstract ANGER management 2 1a 1a ... until row 1700
Le script (avec de courtes explications) est le suivant :
Rprof("profile1.out") # A new dataset is produced with each line of x contained x$N times y <- vector('list',length(x[,1])) for (i in 1:length(x[,1])) { y[[i]] <- data.frame(rep(x[i,1],x[i,"N"]),rep(x[i,2],x[i,"N"]),rep(x[i,3],x[i,"N"]),rep(x[i,4],x[i,"N"]),rep(x[i,5],x[i,"N"]),rep(x[i,6],x[i,"N"])) } all <- do.call('rbind',y) colnames(all) <- colnames(x) # create a dataframe out of a word x class table table_all <- table(all$word,all$classN) dataf.all <- as.data.frame(table_all[,1:length(table_all[1,])]) dataf.all$words <- as.factor(rownames(dataf.all)) dataf.all$type <- "no" # get type of the word. words <- levels(dataf.all$words) for (i in 1:length(words)) { dataf.all$type[i] <- as.character(all[pmatch(words[i],all$word),"type"]) } dataf.all$type <- as.factor(dataf.all$type) dataf.all$typeN <- as.numeric(dataf.all$type) # aggregate response categories dataf.all$c1 <- apply(dataf.all[,c("1a","1b","1c","1d","1e","1f")],1,sum) dataf.all$c2 <- apply(dataf.all[,c("2a","2b","2c")],1,sum) dataf.all$c3 <- apply(dataf.all[,c("3a","3b")],1,sum) Rprof(NULL) library(profr) ggplot.profr(parse_rprof("profile1.out"))
Les données finales ressemblent à ceci :
1a 1b 1c 1d 1e 1f 2a 2b 2c 3a 3b pa words type typeN c1 c2 c3 pa 3 0 8 0 0 0 0 0 0 24 0 0 ANGER Abstract 1 11 0 24 0 6 0 4 0 1 0 0 11 0 13 0 0 ANXIETY Abstract 1 11 11 13 0 2 11 1 0 0 0 0 4 0 17 0 0 ATTITUDE Abstract 1 14 4 17 0 9 18 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 BARREL Concrete 2 27 0 8 0 0 1 18 0 0 0 0 4 0 12 0 0 BELIEF Abstract 1 19 4 12 0
Le graphique de base : 
