R : échec de l'installation du paquet rJava

Question

Lorsque vous installez rJava en utilisant le install.packages("rJava") j'obtiens l'erreur suivante :

checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver    : '/usr/bin/jar'
compiler    : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags   : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs   : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’

J'ai installé le Java JDK et java -version renvoie ce qui suit :

$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)

En cherchant l'erreur sur Google, j'ai vu que d'autres personnes avaient le même problème, mais sans trouver de solution autre que "installer le JDK complet, pas seulement le JRE", ce que j'ai fait.

L'autre truc que j'ai lu, c'est qu'il faut courir sudo R CMD javareconf qui fonctionne sans problème et sans erreur.

Vous avez une idée de ce que peut être mon problème ?

[[EDIT]] Cela fait quelques mois que je n'ai pas eu ce problème. Je l'avais initialement résolu en modifiant mes chemins Java, comme illustré dans la réponse que j'ai postée ci-dessous. J'ai récemment rencontré le même problème sur une nouvelle installation Ubuntu. J'ai suivi la recommandation de Dirk d'utiliser apt-get pour installer le paquet rJava. Cela a parfaitement fonctionné. Ce que je n'ai pas compris au départ, c'est que l'installation de paquets à l'aide de la méthode apt-get d'Ubuntu est fondamentalement différente du chargement du même paquet à l'aide de install.packages() dans R. Les paquets Ubuntu résolvent certains problèmes dont je n'avais pas conscience ou que je n'appréciais pas.

Answer 1

N'est-ce pas ?

apt-get install r-cran-rjava

aurait été plus facile ? Vous auriez pu me demander à useR ! :)

Answer 2

Il s'avère que mon problème était un problème avec mon JAVA_HOME variable d'environnement. Oui, c'est choquant, je sais. Ma configuration initiale pour PATH y JAVA_HOME ressemblait à ça :

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

Et j'ai ajouté /jre donc ça ressemble maintenant à ça :

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

Tout en Java semblait fonctionner correctement sans le /jre mais pas rJava. C'est bizarre.

Answer 3

Merci - votre suggestion concernant $JAVA_HOME m'a conduit à une solution similaire :

prompt$ unset JAVA_HOME

avant d'invoquer R.

Answer 4

Cela a fonctionné pour moi sur Ubuntu 12.04 et R version 3.0.

cd /usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

c'est le répertoire qui contient jni.h

Créez ensuite un lien logiciel vers un autre fichier d'en-tête requis (je suis trop paresseux pour trouver comment inclure plus d'un répertoire dans l'option JAVA_CPPFLAGS ci-dessous) :

sudo ln -s linux/jni_md.h .

Enfin

sudo R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

Answer 5

J'utilise R sous Gentoo sur un AMD64. J'ai mis à jour vers R 2.12.0.

R version 2.12.0 (2010-10-15) Copyright (C) 2010 The R Foundation for Statistical Computing (Fondation R pour le calcul statistique) ISBN 3-900051-07-0 Plate-forme : x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) et ces messages embêtants ont disparu.

Jan Vandermeer