La même question a été répondue sur askubuntu :
Les menus d'Eclipse sont coupés ou ne s'affichent pas
J'ai peut-être trouvé une solution possible à votre problème. J'ai rencontré le même problème que vous avez décrit, Ubuntu 13.10 64-bit Unity, Eclipse 4.3.0, les menus n'étaient pas visibles.
Je me rends compte qu'il pourrait être utile que je m'explique. Le fichier de raccourci du bureau pour Eclipse contiendrait quelque chose comme ceci :
[Desktop Entry]
Version=4.3.0
Name=Eclipse
Comment=IDE for all seasons
#Exec=/home/USERNAME/Dokument/eclipse/eclipse
Exec=env UBUNTU_MENUPROXY=0 /home/USERNAME/Dokument/eclipse/eclipse
Icon=/home/USERNAME/Dokument/eclipse/icon.xpm
Terminal=false
Type=Application
Categories=Utility;Application
La rangée Exec=env UBUNTU_MENUPROXY=0 /home/USERNAME/Dokument/eclipse/eclipse
La partie référencée dans le post que j'ai indiqué, est celle qui rend les menus visibles, et voilà :)
Dans mon cas, ce fichier ( eclipse.desktop
) réside dans /usr/share/applications/
J'espère que cela vous aidera.