L'option "Marquer comme exclu" n'est plus là.
La version actuelle (Android Studio 0.8.x - 2.2.x Le moyen le plus simple de le faire est d'utiliser l'option Structure du projet dialogue. On peut y accéder via "Fichier -> Structure du projet" ou en cliquant avec le bouton droit de la souris sur un module et en sélectionnant "Paramètres du module".
Sélectionnez ensuite le module, et cliquez sur le bouton "moins" pour le supprimer.
Le répertoire sera toujours visible dans la vue "Projet" (mais pas dans la vue "Android") puisqu'il n'est pas réellement supprimé, mais il ne sera plus traité comme un module.
Si vous le souhaitez, vous pouvez ensuite supprimer physiquement les fichiers qu'il contient en cliquant dessus avec le bouton droit de la souris et en appuyant sur "Supprimer".