Importation de fichiers Excel dans R, xlsx ou xls

Question

Quelqu'un peut-il m'aider à trouver la meilleure façon d'importer un fichier Excel 2007 (.xlsx) dans R. J'ai essayé plusieurs méthodes mais aucune ne semble fonctionner. J'ai effectué la mise à jour vers la version 2.13.1, Windows XP, xlsx 0.3.0, je ne sais pas pourquoi l'erreur continue de s'afficher. J'ai essayé :

AB<-read.xlsx("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx","DNA_Tag_Numbers")

OU

AB<-read.xlsx("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx",1)

mais je reçois l'erreur :

 Error in .jnew("java/io/FileInputStream", file) : 
  java.io.FileNotFoundException: C:\AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx (The system cannot find the file specified)

Gracias.

Answer 1

Vous pouvez également essayer le paquet XLConnect. J'ai eu plus de chance avec lui qu'avec xlsx (et il peut aussi lire les fichiers .xls).

library(XLConnect)
theData <- readWorksheet(loadWorkbook("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx"),sheet=1)

Par ailleurs, si vous avez des difficultés à trouver votre fichier, essayez de le sélectionner avec file.choose().

Answer 2

Je voudrais vraiment essayer le read.xls dans le gdata qui est considérablement plus mature que le paquet xlsx paquet. Il peut nécessiter Perl ...

Answer 3

Mise à jour

Comme la réponse ci-dessous est maintenant quelque peu dépassée, je voudrais juste attirer l'attention sur la readxl paquet. Si la feuille Excel est bien formatée/expliquée, j'utiliserais maintenant la méthode suivante readxl pour lire le cahier d'exercices. Si les feuilles sont mal formatées ou mal expliquées, je continuerais à exporter vers le format CSV et à traiter les problèmes dans R, soit par le biais de read.csv() ou tout simplement readLines() .

Original

Ma méthode préférée est d'enregistrer les feuilles Excel individuelles dans des fichiers CSV (comma separated value). Sous Windows, ces fichiers sont associés à Excel, de sorte que vous ne perdez pas la "fonctionnalité" d'ouverture par double-clic dans Excel.

Les fichiers CSV peuvent être lus dans R en utilisant read.csv() ou, si vous vous trouvez dans un endroit ou si vous utilisez un ordinateur configuré avec des paramètres européens (où l'option , est utilisé comme décimale), en utilisant la fonction read.csv2() .

Ces fonctions ont des valeurs par défaut judicieuses qui facilitent la lecture de fichiers correctement formatés. Gardez simplement les étiquettes des échantillons ou des variables dans la première ligne ou colonne.

Les avantages supplémentaires du stockage des fichiers en CSV sont les suivants : comme les fichiers sont en texte brut, ils peuvent être transmis très facilement et vous pouvez être sûr qu'ils s'ouvriront n'importe où ; il n'est pas nécessaire d'utiliser Excel pour consulter ou modifier les données.

Answer 4

Exemple 2012 :

library("xlsx")
FirstTable <- read.xlsx("MyExcelFile.xlsx", 1 , stringsAsFactors=F)
SecondTable <- read.xlsx("MyExcelFile.xlsx", 2 , stringsAsFactors=F)

• J'essaierais le paquet 'xlsx' car il est facile à manipuler et semble assez mature.
• a bien fonctionné pour moi et n'a pas eu besoin d'ajouts comme Perl ou autre.

Exemple 2015 :

library("readxl")
FirstTable  <- read_excel("MyExcelFile.xlsx", 1)
SecondTable <- read_excel("MyExcelFile.xlsx", 2)

• Aujourd'hui, j'utilise readxl et ont fait une bonne expérience avec elle.
• pas besoin de matériel supplémentaire
• bonne performance

Answer 5

Ce nouveau paquet a l'air bien http://cran.r-project.org/web/packages/openxlsx/openxlsx.pdf Il ne nécessite pas rJava et utilise 'Rcpp' pour la vitesse.