Ssh-keygen utilise OpenSSL pour générer des clés RSA et les stocker au format PEM. Le cryptage dont vous parlez est spécifique au format PEM. Si vous regardez votre fichier de clé,
-----BEGIN RSA PRIVATE KEY-----
Proc-Type: 4,ENCRYPTED
DEK-Info: DES-EDE3-CBC,5B01E932988DC66B
EPESt4ZVIrxnQXxxWWVa7cCR+vgNZ/4vTu4mdq6pjaW7jMZoB8HV+mA745mQkQw7
i+YtdVs/JqOeyGiw/3McxYYKZTlhyh7MvfIr1n8ZdZmcjQz+oFqMxChFU3r8BGgA
L'en-tête "DEK-Info" contient toutes les informations dont vous avez besoin pour décrypter la clé, à condition que vous connaissiez la phrase de passe. "DES-EDE3-CBC" signifie Triple DES (en mode EDE). CBC est le mode de chaînage. Le nombre hexadécimal est le vecteur initial nécessaire pour le CBC.
Le format PEM est très ancien et ne supporte que DES/TripleDES. AES et Blowfish ont été ajoutés plus tard mais ne sont pas supportés par toutes les implémentations. Mon ssh (OpenSSH 5.2) ne supporte que DES et TripleDES.