D'après mon expérience, les avantages que vous tirez d'une architecture MVC l'emportent largement sur ses coûts et ses frais généraux apparents lorsque vous développez pour le web.
Pour quelqu'un qui débute avec un framework MVC complexe, il peut être un peu décourageant de faire l'effort supplémentaire de séparer les trois couches, et d'avoir une bonne idée de ce qui va où (certaines choses sont évidentes, d'autres peuvent être assez limites et ont tendance à être de bons sujets de discussion). Je pense que ce coût est rentabilisé à long terme, surtout si vous prévoyez que votre application va se développer ou être maintenue sur une période de temps raisonnable.
J'ai connu des situations où le coût de la création d'une nouvelle API pour permettre à d'autres clients de se connecter à une application web existante était extrêmement faible, en raison d'une bonne séparation des couches : la logique métier n'était pas du tout connectée à la présentation, c'était donc du gâteau.
Dans l'écosystème actuel des frameworks MVC, je pense que votre kilométrage peut varier considérablement, car les principes sont communs, mais il y a beaucoup de différences entre, par exemple, Zend, Django, RoR et SpringMVC.
S'il existe vraiment d'autres bonnes alternatives à ce paradigme... Je suis très intéressé par les réponses !
Désolé pour le léger mur de texte !