UseMethod("t") est de vous dire que l' t() est un (S3) de la fonction générique qui possède des méthodes pour les différentes classes d'objets.
Le S3 méthode de système de répartition
Pour les S3 classes, vous pouvez utiliser l' methods fonction pour lister les méthodes pour un générique de classe ou de fonction.
> methods(t)
[1] t.data.frame t.default t.ts*
Non-visible functions are asterisked
> methods(class="ts")
[1] aggregate.ts as.data.frame.ts cbind.ts* cycle.ts*
[5] diffinv.ts* diff.ts kernapply.ts* lines.ts
[9] monthplot.ts* na.omit.ts* Ops.ts* plot.ts
[13] print.ts time.ts* [<-.ts* [.ts*
[17] t.ts* window<-.ts* window.ts*
Non-visible functions are asterisked
"Non visible fonctions marquées d'un astérisque sont" signifie que la fonction n'est pas exporté à partir de son paquet de noms. Vous pouvez toujours voir son code source via l' ::: de la fonction, ou par l'utilisation d' getAnywhere(). getAnywhere() est utile parce que vous n'avez pas à connaître la formule de la fonction de la provenance.
> getAnywhere(t.ts)
A single object matching ‘t.ts' was found
It was found in the following places
registered S3 method for t from namespace stats
namespace:stats
with value
function (x)
{
cl <- oldClass(x)
other <- !(cl %in% c("ts", "mts"))
class(x) <- if (any(other))
cl[other]
attr(x, "tsp") <- NULL
t(x)
}
<bytecode: 0x294e410>
<environment: namespace:stats>
Le S4 méthode de système de répartition
Le S4 système est une nouvelle méthode de système de répartition et est une alternative à la S3. Voici un exemple d'un S4 fonction:
> library(Matrix)
Loading required package: lattice
> chol2inv
standardGeneric for "chol2inv" defined from package "base"
function (x, ...)
standardGeneric("chol2inv")
<bytecode: 0x000000000eafd790>
<environment: 0x000000000eb06f10>
Methods may be defined for arguments: x
Use showMethods("chol2inv") for currently available ones.
La sortie offre déjà beaucoup d'informations. standardGeneric est un indicateur d'un S4 fonction. La méthode pour voir défini S4 méthodes est offert gentiment:
> showMethods(chol2inv)
Function: chol2inv (package base)
x="ANY"
x="CHMfactor"
x="denseMatrix"
x="diagonalMatrix"
x="dtrMatrix"
x="sparseMatrix"
getMethod peut être utilisé pour voir le code source de l'une des méthodes:
> getMethod("chol2inv", "diagonalMatrix")
Method Definition:
function (x, ...)
{
chk.s(...)
tcrossprod(solve(x))
}
<bytecode: 0x000000000ea2cc70>
<environment: namespace:Matrix>
Signatures:
x
target "diagonalMatrix"
defined "diagonalMatrix"
Il existe aussi des méthodes plus complexes signatures pour chaque méthode, par exemple
require(raster)
showMethods(extract)
Function: extract (package raster)
x="Raster", y="data.frame"
x="Raster", y="Extent"
x="Raster", y="matrix"
x="Raster", y="SpatialLines"
x="Raster", y="SpatialPoints"
x="Raster", y="SpatialPolygons"
x="Raster", y="vector"
Pour voir le code source pour l'une de ces méthodes de la totalité de la signature doit être fourni, par exemple
getMethod("extract" , signature = c( x = "Raster" , y = "SpatialPolygons") )
Il ne suffira pas à fournir à la signature partielle
getMethod("extract",signature="SpatialPolygons")
#Error in getMethod("extract", signature = "SpatialPolygons") :
# No method found for function "extract" and signature SpatialPolygons
Les fonctions appeler le code compilé
Notez que "compilé" ne fait pas référence à des octets compilé R code créé par le compilateur paquet. L' <bytecode: 0x294e410> ligne ci-dessus indique que la fonction est le byte-compilé, et vous pouvez toujours afficher la source à partir de la R de la ligne de commande.
Des fonctions qui appellent .C, .Call, .Fortran, .External, .Internalou .Primitive appelez les points d'entrée dans le code compilé, de sorte que vous aurez à regarder les sources du code compilé si vous voulez pleinement comprendre la fonction. Paquets peuvent utiliser .C, .Call, .Fortran, et .External; mais pas .Internal ou .Primitive, parce que ceux-ci sont utilisés pour appeler des fonctions intégrées dans le R de l'interprète.
Des appels à certaines des fonctions ci-dessus peuvent utiliser un objet au lieu d'une chaîne de caractère pour faire référence à la fonction compilée. Dans ces cas, l'objet est de classe "NativeSymbolInfo", "RegisteredNativeSymbol"ou "NativeSymbol"; et l'impression de l'objet produit de l'information utile. Par exemple, optim des appels .External2(C_optimhess, res$par, fn1, gr1, con) (à noter que l' C_optimhess, pas "C_optimhess"). optim est dans les stats de paquet, de sorte que vous pouvez taper stats:::C_optimhess voir les informations compilées fonction appelée.
Le code compilé dans un package
Si vous souhaitez afficher le code compilé dans un package, vous aurez besoin de télécharger/décompresser le package source. Installer les fichiers binaires ne sont pas suffisantes. Un code source du paquet est disponible à partir de la même CRAN (ou CRAN compatible) référentiel que le package a été installé à partir de. L' download.packages() fonction pouvez obtenir le paquet source pour vous.
download.packages(pkgs = "Matrix",
destdir = ".",
type = "source")
Ceci va télécharger la version d'origine de la Matrice paquet et enregistrer la correspondante .tar.gz le fichier dans le répertoire courant. Code Source compilé les fonctions peuvent être trouvés dans l' src annuaire de la non compressé et untared fichier. La décompression et untaring étape peut être réalisée à l'extérieur de l' R, ou à partir de R à l'aide de l' untar() fonction. Il est possible de combiner le téléchargement et l'expansion de l'étape dans un seul appel (à noter que seule une offre à la fois peut être téléchargé et décompressé de cette façon):
untar(download.packages(pkgs = "Matrix",
destdir = ".",
type = "source")[,2])
Par ailleurs, si le développement de package est hébergé publiquement (par exemple via GitHub, R-Forge, ou RForge.net), vous pouvez probablement parcourir le code source en ligne.
Code compilé dans un package de base
Certains paquets sont considérés comme "de base" des paquets. Ces paquets navire avec R et leur version est verrouillé à la version de R. les Exemples incluent base, compiler, stats, et utils. En tant que tels, ils ne sont pas disponibles séparément les packs téléchargeables sur CRAN comme décrit ci-dessus. Au contraire, ils font partie de la R de la source de l'arbre dans l'emballage individuel sous-répertoires /src/library/. Comment accéder à la R source est décrite dans la section suivante.
Le code compilé construit dans la R interprète
Si vous souhaitez afficher le code intégré dans la R interprète, vous aurez besoin de télécharger/décompresser le R sources ou vous pouvez consulter les sources en ligne via le R le référentiel Subversion ou Winston Chang github miroir.
Uwe Ligges de R article de presse (PDF) (p. 43) est une bonne référence générale de la façon d'afficher le code source d' .Internal et .Primitive fonctions. Les étapes de base sont à la recherchent d'abord le nom de la fonction en src/main/names.c et ensuite, la recherche de la "C-entrée" nom du fichier src/main/*.
