Comment ajuster une courbe lisse à mes données dans R?

Question

Je suis en train de dessiner une courbe lisse en R. J'ai le texte suivant jouet simple des données:

> x
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
> y
 [1]  2  4  6  8  7 12 14 16 18 20

Maintenant, quand je la parcelle avec un standard de la commande, il semble chaotique et edgy, bien sûr:

plot(x,y, type= "l", lwd=2, col='red')

Comment puis-je faire la courbe lisse, de sorte que les 3 bords sont arrondis à l'aide de valeurs estimées? Je sais qu'il y a de nombreuses méthodes pour s'adapter à une courbe lisse, mais je ne suis pas sûr qu'on serait plus approprié pour ce type de courbe et comment vous l'écrire en R.

Answer 1

J'aime beaucoup loess() pour le lissage:

 > x <- 1:10
> y <- c(2,4,6,8,7,12,14,16,18,20)
> lo <- loess(y~x)
> plot(x,y)
> lines(predict(lo), col='red', lwd=2)
 

Le livre MASS de Venables and Ripley contient une section entière sur le lissage qui couvre également les splines et les polynômes - mais loess() est le préféré de tous.

Answer 2

Peut-être que smooth.spline est une option, vous pouvez définir un paramètre de lissage (généralement entre 0 et 1) ici

 smoothingSpline = smooth.spline(x, y, spar=0.35)
plot(x,y)
lines(smoothingSpline)
 

vous pouvez également utiliser prédire sur les objets smooth.spline. La fonction est fournie avec la base R, voir? Smooth.spline pour plus de détails.

Answer 3

mais pour l'obtenir VRAIMENT minime ...

 x <- 1:10
y <- c(2,4,6,8,7,8,14,16,18,20)
lo <- loess(y~x)
plot(x,y)
xl <- seq(min(x),max(x), (max(x) - min(x))/1000)
lines(xl, predict(lo,xl), col='red', lwd=2)
 

Ce style interpole de nombreux points supplémentaires et vous procure une courbe très lisse. Il semble également que ce soit l'approche que ggplot adopte.

Answer 4

LOESS est une très bonne approche, comme l'a dit Dirk.

Une autre option consiste à utiliser des splines de Bézier, qui peuvent dans certains cas fonctionner mieux que LOESS si vous n'avez pas beaucoup de points de données.

Vous trouverez ici un exemple: http://rosettacode.org/wiki/Cubic_bezier_curves#R