Elle se trouve dans Préférences > Général > Éditeurs > Éditeurs de texte. Il y a une case à cocher intitulée "Afficher les caractères d'espacement". Si vous décochez cette case, l'éditeur redevient normal.
Si vous cliquez sur le lien "caractères d'espacement" dans cette ligne, vous obtiendrez une fenêtre popup, dans laquelle vous pouvez définir les caractères qu'eclipse est censé considérer comme des caractères d'espacement.
Dans cette fenêtre popup, vous avez également la possibilité de définir la transparence dans laquelle chaque caractère d'espacement est affiché dans l'éditeur, ce qui vous permet de changer (indirectement) leur couleur de premier plan. Je le mentionne ici, car il m'a fallu environ une demi-heure pour trouver ce paramètre ! ;-)