Impossible d'installer rJava dans R 3.0 sous Ubuntu 13.04

Question

Je ne suis pas en mesure d'appeler rJava dans R 3.0 . J'ai reçu le message suivant

Error: package ‘rJava’ was built before R 3.0.0: please re-install it

J'obtiens une erreur lorsque j'ai essayé de réinstaller rJava paquet. J'ai fourni la sortie de R CMD javareconf

Java interpreter : /usr/bin/java
Java version     : 1.7.0_21
Java home path   : /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre
Java compiler    : /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/../bin/javac
Java headers gen.: /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/../bin/javah
Java archive tool: /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/../bin/jar

trying to compile and link a JNI progam 
detected JNI cpp flags    : 
detected JNI linker flags : 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -O2 -pipe -g  -c conftest.c -o conftest.o
conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or directory
compilation terminated.
make: *** [conftest.o] Error 1
Unable to compile a JNI program

Java library path: 
JNI cpp flags    : 
JNI linker flags : 
Updating Java configuration in /usr/lib/R
Done.

J'utilise Ubuntu 13.04. J'ai également essayé apt-get install r-cran-rjava ce qui n'aide pas à résoudre le problème. En ce qui concerne jni.h, il y a eu quelques solutions ici. Mais, je ne sais pas comment utiliser la solution ici.

Answer 1

J'ai rencontré exactement le même problème. Ma solution a été d'installer l'openjdk-7-* via

sudo apt-get install openjdk-7-*

Suivi de

sudo R CMD javareconf

et j'ai ensuite pu installer rJava dans R via install.packages("rJava") .

Même si ce n'est pas la solution la plus élégante, elle semble avoir résolu mes problèmes de fonctionnement de rJava.

Answer 2

Pour ceux qui obtiennent l'erreur :

error: unable to load shared object '/some/dir/rJava/libs/rJava.so': libjvm.so: 
cannot open shared object file: No such file or directory

J'ai résolu l'erreur en localisant la bibliothèque dans le système et en les reliant à /usr/lib :

$sudo updatedb
$locate libjvm.so
/usr/lib/debug/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so
/usr/lib/debug/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/zero/libjvm.so
/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/jamvm/libjvm.so
/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so
/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/zero/libjvm.so
$sudo ln -s /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so /usr/lib/

Answer 3

Installer rJava à partir des paquets de distribution comme proposé dans cette réponse de askUbuntu fonctionne également :

sudo apt-get install r-cran-rjava

NOTE : essayé à partir d'un système Debian.

Answer 4

J'étais également confronté à la même erreur sur RHEL8.1 et je l'ai résolue comme suit :

yum --enablerepo=* install java-1.8* 

J'ai ensuite exécuté la même commande qui me donnait les journaux d'erreurs du serveur R.

R CMD javareconf

qui se transforme en la sortie suivante.