J'utilise kepler sous ubuntu et j'ai eu le même problème pour qu'eclipse reconnaisse le serveur tomcat7. Mon chemin d'accès au répertoire d'installation était correct et le fait de supprimer/renommer les fichiers n'a pas résolu le problème non plus.
C'est ce qui a marché pour moi :
Exécutez ce qui suit dans le terminal :
cd ~/workspace/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.runtime/.settings/
rm org.eclipse.jst.server.tomcat.core.prefs
rm org.eclipse.wst.server.core.prefs
cd /usr/share/tomcat7
sudo service tomcat7 stop
sudo update-rc.d tomcat7 disable
sudo ln -s /var/lib/tomcat7/conf conf
sudo ln -s /etc/tomcat7/policy.d/03catalina.policy conf/catalina.policy
sudo ln -s /var/log/tomcat7 log
sudo chmod -R 777 /usr/share/tomcat7/conf
sudo ln -s /var/lib/tomcat7/common common
sudo ln -s /var/lib/tomcat7/server server
sudo ln -s /var/lib/tomcat7/shared shared
redémarrer eclipse, supprimer le serveur tomcat7. Réajoutez le serveur et tout fonctionne alors.
Voici le lien que j'ai utilisé. http://linux.mjnet.eu/post/1319/tomcat-7-ubuntu-13-04-and-eclipse-kepler-problem-to-run/