JRuby fonctionne sur la machine virtuelle Java (l'interpréteur a été écrit en Java), tandis que l'interpréteur Ruby original a été écrit en C. Les deux ont également des avantages et des inconvénients (Ruby peut utiliser des extensions natives, JRuby peut accéder aux types Java, aux objets, etc.)
JRuby utilise la syntaxe de Ruby 1.8.6, la 1.9.x sera bientôt disponible. JRuby a des threads Java (ce qui signifie qu'il s'adaptera à de nombreux processeurs, cœurs, etc.), Ruby a quelques problèmes avec les threads de l'espace utilisateur, le verrouillage, etc.
Personnellement, j'utilise JRuby avec Glassfish v3 et Netbeans pour le développement de RdR. Il est beaucoup plus facile à gérer que ruby + des tas de bâtards et d'Apaches.