détacher tous les paquets pendant le travail en R

Question

En travaillant à la résolution d'un autre problème, j'ai rencontré ce problème :

Je peux supprimer tous les objets R en :

rm(list = ls(all = TRUE))

Existe-t-il une commande équivalente permettant de détacher les paquets installés pendant la session de travail ?

> sessionInfo()
R version 2.12.2 (2011-02-25)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base 

require(ggplot2)

Loading required package: ggplot2
Loading required package: reshape
Loading required package: plyr

Attaching package: 'reshape'

The following object(s) are masked from 'package:plyr':

    round_any

Loading required package: grid
Loading required package: proto

sessionInfo()

R version 2.12.2 (2011-02-25)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base     

other attached packages:
[1] ggplot2_0.8.9 proto_0.3-9.1 reshape_0.8.4 plyr_1.4 

J'ai essayé de cette façon, bien que même il a travaillé dans pas une solution globale :

pkg <- c("package:ggplot2_0.8.9", "package:proto_0.3-9.1", "package:reshape_0.8.4",  "package:plyr_1.4")

 detach(pkg, character.only = TRUE)

Error in detach(pkg, character.only = TRUE) : invalid 'name' argument
In addition: Warning message:
In if (is.na(pos)) stop("invalid 'name' argument") :
  the condition has length > 1 and only the first element will be used

Ce que je cherche, c'est quelque chose de global comme.. :

  rm(list = ls(all = TRUE))

pour les objets, s'attendre à ce qu'il ne supprime pas les paquets de base attachés

Merci ;

Answer 1

Donc, quelqu'un aurait dû simplement répondre à la question suivante.

lapply(paste('package:',names(sessionInfo()$otherPkgs),sep=""),detach,character.only=TRUE,unload=TRUE)

(edit : 6-28-19) Dans la dernière version de R 3.6.0, veuillez utiliser à la place.

invisible(lapply(paste0('package:', names(sessionInfo()$otherPkgs)), detach, character.only=TRUE, unload=TRUE))

Notez que l'utilisation de invisible(*) n'est pas nécessaire mais peut être utile pour empêcher la réponse NULL de spammer verticalement la fenêtre R.

(modification : 20/09/2019) Dans la version 3.6.1

Il peut être utile de convertir les charges uniquement names(sessionInfo()$loadedOnly) pour attacher explicitement les paquets d'abord, et ensuite détacher les paquets, de la manière suivante.

lapply(names(sessionInfo()$loadedOnly), require, character.only = TRUE)
invisible(lapply(paste0('package:', names(sessionInfo()$otherPkgs)), detach, character.only=TRUE, unload=TRUE, force=TRUE))

On peut essayer de décharger les paquets de base via $basePkgs et aussi essayer d'utiliser unloadNamespace(loadedNamespaces()) . Toutefois, ces méthodes sont généralement entachées d'erreurs et risquent d'interrompre les fonctionnalités de base, comme par exemple sessionInfo() pour ne renvoyer que les erreurs. Cela se produit généralement en raison d'un manque de réversibilité dans la conception du paquet original. Actuellement, timeDate peut se briser de manière irréversible, par exemple.

(edit : 9/24/20) pour la version 4.0.2 Ce qui suit charge d'abord les paquets à tester et donne ensuite une séquence pour détacher complètement tous les paquets sauf le paquet "base" et "utils". Il est fortement recommandé de ne pas détacher ces paquets.

    invisible(suppressMessages(suppressWarnings(lapply(c("gsl","fBasics","stringr","stringi","Rmpfr"), require, character.only = TRUE))))
    invisible(suppressMessages(suppressWarnings(lapply(names(sessionInfo()$loadedOnly), require, character.only = TRUE))))
    sessionInfo()

    #the above is a test

    invisible(lapply(paste0('package:', c("stringr","fBasics")), detach, character.only=TRUE,unload=TRUE))
    #In the line above, I have inserted by hand what I know the package dependencies to be. A user must know this a priori or have their own automated
    #method to discover it. Without removing dependencies first, the user will have to cycle through loading namespaces and then detaching otherPkgs a
    #second time through.
    invisible(lapply(paste0('package:', names(sessionInfo()$otherPkgs)), detach, character.only=TRUE,unload=TRUE))

    bspkgs.nb<-sessionInfo()$basePkgs[sessionInfo()$basePkgs!="base"]
    bspkgs.nbu<-bspkgs.nb[bspkgs.nb!="utils"]
    names(bspkgs.nbu)<-bspkgs.nbu
    suppressMessages(invisible(lapply(paste0('package:', names(bspkgs.nbu)), detach, character.only=TRUE,unload=TRUE)))

    #again this thoroughly removes all packages and loaded namespaces except for base packages "base" and "utils" (which is highly not recommended).

Answer 2

Essayez ceci, s'il vous plaît :

detachAllPackages <- function() {

  basic.packages <- c("package:stats","package:graphics","package:grDevices","package:utils","package:datasets","package:methods","package:base")

  package.list <- search()[ifelse(unlist(gregexpr("package:",search()))==1,TRUE,FALSE)]

  package.list <- setdiff(package.list,basic.packages)

  if (length(package.list)>0)  for (package in package.list) detach(package, character.only=TRUE)

}

detachAllPackages()

Answer 3

Vous étiez proche. Notez ce que ?detach a à dire sur le premier argument name de detach() :

Arguments :

name: The object to detach.  Defaults to ‘search()[pos]’.  This can
      be an unquoted name or a character string but _not_ a
      character vector.  If a number is supplied this is taken as
      ‘pos’.

Nous devons donc appeler à plusieurs reprises detach() une fois par élément de pkg . Il y a quelques autres arguments que nous devons spécifier pour que cela fonctionne. Le premier est character.only = TRUE ce qui permet à la fonction de supposer que name est une chaîne de caractères - il ne fonctionnera pas sans elle. Deuxièmement, nous voulons aussi probablement décharger tout espace de nom associé. Cela peut être réalisé en définissant unload = TRUE . La solution est donc, par exemple :

pkg <- c("package:vegan","package:permute")
lapply(pkg, detach, character.only = TRUE, unload = TRUE)

Voici un exemple complet :

> require(vegan)
Loading required package: vegan
Loading required package: permute
This is vegan 2.0-0
> sessionInfo()
R version 2.13.1 Patched (2011-09-13 r57007)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_GB.utf8       LC_NUMERIC=C             
 [3] LC_TIME=en_GB.utf8        LC_COLLATE=en_GB.utf8    
 [5] LC_MONETARY=C             LC_MESSAGES=en_GB.utf8   
 [7] LC_PAPER=en_GB.utf8       LC_NAME=C                
 [9] LC_ADDRESS=C              LC_TELEPHONE=C           
[11] LC_MEASUREMENT=en_GB.utf8 LC_IDENTIFICATION=C      

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[7] base     

other attached packages:
[1] vegan_2.0-0   permute_0.7-0

loaded via a namespace (and not attached):
[1] grid_2.13.1     lattice_0.19-33 tools_2.13.1   
> pkg <- c("package:vegan","package:permute")
> lapply(pkg, detach, character.only = TRUE, unload = TRUE)
[[1]]
NULL

[[2]]
NULL

> sessionInfo()
R version 2.13.1 Patched (2011-09-13 r57007)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_GB.utf8       LC_NUMERIC=C             
 [3] LC_TIME=en_GB.utf8        LC_COLLATE=en_GB.utf8    
 [5] LC_MONETARY=C             LC_MESSAGES=en_GB.utf8   
 [7] LC_PAPER=en_GB.utf8       LC_NAME=C                
 [9] LC_ADDRESS=C              LC_TELEPHONE=C           
[11] LC_MEASUREMENT=en_GB.utf8 LC_IDENTIFICATION=C      

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[7] base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] grid_2.13.1     lattice_0.19-33 tools_2.13.1

Si vous voulez transformer cela en une fonction, étudiez le code dans sessionInfo() pour voir comment il identifie ce qu'il étiquette comme "autres paquets joints :". Combinez ce bout de code avec l'idée ci-dessus dans une seule fonction et vous êtes à l'abri. Mais je vous laisse le soin de le faire.

Answer 4

nothing

Il peut être utile d'ajouter la solution mise à disposition par Romain François . Une fois chargé, le paquet nothing qui est actuellement disponible sur GitHub va décharger tous les paquets chargés, comme dans l'exemple fourni par Romain :

loadedNamespaces()
[1] "base"      "datasets"  "grDevices" "graphics"  "methods"   "stats"
[7] "utils"

require(nothing, quietly = TRUE)

loadedNamespaces()
[1] "base"

Installation

Avec l'utilisation de la devtools paquet :

devtools::install_github("romainfrancois/nothing")

pacman

Une approche alternative utilise pacman disponible via CRAN :

pacman::p_unload(pacman::p_loaded(), character.only = TRUE)

Answer 5

En s'appuyant sur la réponse de Gavin, mais sans aller jusqu'à une fonction complète, on pourrait avoir cette séquence :

sess.pkgs <- function (package = NULL) 
{   z <- list()
       if (is.null(package)) {
        package <- grep("^package:", search(), value = TRUE)
        keep <- sapply(package, function(x) x == "package:base" || 
            !is.null(attr(as.environment(x), "path")))
        package <- sub("^package:", "", package[keep])
    }
    pkgDesc <- lapply(package, packageDescription)
    if (length(package) == 0) 
        stop("no valid packages were specified")
    basePkgs <- sapply(pkgDesc, function(x) !is.null(x$Priority) && 
        x$Priority == "base")
    z$basePkgs <- package[basePkgs]
    if (any(!basePkgs)) {
        z$otherPkgs <-  package[!basePkgs]
    }
    z
}

lapply(paste("package:",sess.pkgs()$otherPkgs, sep=""), detach, 
                             character.only = TRUE, unload = TRUE)