Diagramme de Venn proportionnel et ombrage coloré avec semi-transparence

Question

J'ai les données de compte suivantes.

A   450
B   1800
A et B tous les deux    230

Je veux développer un diagramme de Venn coloré (éventuellement semi-transparent aux intersections) comme le diagramme de Venn suivant.

Note : Cette figure est un exemple dessiné à la main dans PowerPoint, et elle n'est pas à l'échelle.

Answer 1

Voici un post qui discute du diagramme de Venn à partir d'une liste de clusters et de facteurs co-occurrents.

Pour une solution simple, utilisez le package venneuler:

require(venneuler)
v <- venneuler(c(A=450, B=1800, "A&B"=230))
plot(v)

Pour des solutions plus avancées et personnalisées, vérifiez le package VennDiagram.

library(VennDiagram) 
venn.diagram(list(B = 1:1800, A = 1571:2020), fill = c("lightblue", "green"), 
             alpha = c(0.5, 0.5), lwd =0, "venn_diagram.tiff")

Answer 2

J'ai récemment publié un nouveau package R, eulerr, qui fait ce que vous voulez. Il est assez similaire à venneuler mais sans ses incohérences.

library(eulerr)
fit <- euler(c(A = 450, B = 1800, "A&B" = 230))
plot(fit)

Ou vous pouvez essayer l'application shiny pour le même package r sur eulerr.co

Answer 3

Basé sur la deuxième réponse de Geek On Acid (merci une fois de plus), j'ai pu résoudre le problème de la ligne également. Je poste ceci au cas où cela serait pertinent pour d'autres googlers !

  require(VennDiagram)
    venn.diagram(list(B = 1:1800, A = 1571:2020),fill = c("red", "green"),
  alpha = c(0.5, 0.5), cex = 2,cat.fontface = 4,lty =2, fontfamily =3, 
   filename = "trial2.emf");

Answer 4

Même si cela ne répond pas complètement à votre question, je pense que cela sera utile pour d'autres personnes cherchant à tracer un diagramme de Venn. On peut utiliser la fonction venn() du package gplots : http://www.inside-r.org/packages/cran/gplots/docs/venn

## modifié légèrement de l'exemple donné dans la documentation
## Exemple utilisant une liste de noms d'éléments appartenant au
## groupe spécifié.
##
require(gplots) 
## construire des noms de gènes factices..
oneName <- function() paste(sample(LETTERS,5,replace=TRUE),collapse="")
geneNames <- replicate(1000, oneName())

## 
GroupA <- sample(geneNames, 400, replace=FALSE)
GroupB <- sample(geneNames, 750, replace=FALSE)
GroupC <- sample(geneNames, 250, replace=FALSE)
GroupD <- sample(geneNames, 300, replace=FALSE)

venn(list(GrpA=GroupA,GrpB=GroupB,GrpC=GroupC,GrpD=GroupD))

Ensuite j'ajoute simplement des couleurs et de la transparence en utilisant illustrator.

Answer 5

Il existe un traceur proportionnel intuitif et flexible que vous pouvez télécharger et exécuter. Trouvez-le à : http://omics.pnl.gov/software/VennDiagramPlotter.php

et

jvenn : un visualiseur interactif de diagramme de Venn - GenoToul Bioinfo : http://bioinfo.genotoul.fr/jvenn/