Aller à la fenêtre de commande, et appuyez sur Ctrl-C beaucoup. De mon expérience, sur un single-core de la machine, vous n'avez pas de chance, à moins de faire beaucoup de sortie. Sur un multi-core ou machine multi-processeur, vous aurez probablement arrêter par la suite, mais il faut du temps.
Voir aussi http://www.mathworks.com/support/solutions/en/data/1-188VX/index.html
Ajouté: c'est une bonne pratique (1) d'enregistrer un instantané de votre espace de travail avant de lancer quelque chose de très long et (2) à l'intérieur d'un très long calcul, écrire certaines des variables dans un fichier de temps en temps, de sorte que vous pouvez reprendre le calcul, si elle a été interrompue (par une panne de courant, par exemple).